后来因钱谦益一案为东林所指，双方关系遂告破裂，但其于崇祯十四年二月重入内阁，却是在东林一脉的复社领袖张溥游说下复归东林体系，然后由东林党——复社一脉联合了最被他们所鄙视的魏忠贤“逆案”中人阮大铖、冯铨等人，采取贿赂内监、后宫等不正当手段而促成的。因此认真说起来，马士英的座主是周延儒，故马士英也可以说属东林体系的。而马士英本人的政治态度，当时来说本就倾向东林，即使到了弘光初期亦如是。

    但相当部分东林党人和后世史家在论及南明局势时，却大都指责因马士英当政掌握大权，又起用“阉党”阮大铖任用“逆案”中**国殃民，排斥东林党，并将史可法排挤在外，曰“秦桧留之在朝，李纲驱之在外”朱一是：《为可堂集·周雷赐死始末》。，以至南都倾覆，大有似乎只要史可法、钱谦益等东林党人掌权，大明社稷就不至于沦亡，甚至可以起复东南之意。

    那么到底是不是这样呢？

    我看不是。

    非但不是，而且这等说法还大大地有移祸东江的嫌疑。

    因为这么一来，就等于将弘光朝倾覆之责轻轻一推，全都压到了马士英与阮大铖的身上，却把东林党人洗了个清白干净。而明末之正史、野史，十九出自东林之手，多以一己之恩怨而肆意增损，甚至无中生有，尤其于对立方及中间人士，乃至一些党内异己者的记叙，殊难取信于人。

    首先要说清楚的一点是，马士英得势当政、史可法失势出京督师，并非全出自马士英之阴谋和手腕，甚至可以说马士英当时是半主动、半被动地坐上了弘光朝定策首席功臣之位，客观上，形成这一局面的推动者，正是史可法本人及以钱谦益为首的一大批东林党人。