前文已提及，牧斋这次被执，自料难免一死。这时他的儿子孙爱才十九岁，涉世未深，诚难应付这突如其来的事件，幸亏柳如是在旁照料，心中才稍稍感到宽慰。后来他得以逃离魔掌，无罪释放，无疑倾注着柳如是的大量心血。据《清史列传·钱谦益传》载，他的获释有两个原因，一是“首告谦益从逆之盛名儒逃匿不赴质”，二是“毓祺病死狱中”，造成死无对证的局面，结果草草了结，以“谦益与毓祺素不相识定谳”。原告盛名儒逃匿不出面对质，已属蹊跷，说谦益与毓祺“素不相识”，今天读来，更是令人哑然失笑。这是典型的糊涂官办的糊涂案，在这“糊涂”的背后，肯定有人为牧斋四处奔走，其中的主角当然是柳如是。“恸哭临江无壮子，徒行赴难有贤妻”。儿子年少，难以分忧；贤妻赴难，恩重情深。柳如是的救护之恩，牧斋自然刻骨铭心，难以忘怀。
一个关押牢狱中的囚犯，显然已丧失反抗的能力，就像等待宰割的鸡一样可悲可怜。生还的机会几乎已经断绝，牧斋于是想到死，“西方西市原同观”，不管像佛教徒那样魂归西天，还是在西市受极刑，无非都是一死，在他看来已没有什么区别。《孤忠后录》载：“（毓祺）将刑，门人告之期。祺作绝命诗，被衲衣，趺坐而逝。”趺坐即结跏趺坐，佛教徒修禅的一种坐法。抑是牧斋在狱中闻说毓祺“趺坐而逝”消息后，才赋就此诗不成？
后来牧斋虽死里逃生，终获释放，但沉沉牢狱的阴影一直伴随着他的后半生，直到临终之际，仍未能从他的心灵上抹去。何以见得？他在病榻上写成的组诗《病榻消寒杂咏》中有一首即“记丁亥羁囚事”，诗云：
缧绁重围四浃旬，仆僮并命付灰尘。三人缠索同三木，六足钩牵有六身。伏鼠盘头遗宿溺，饥蝇攒口嘬余津。频年风雨鸡鸣候，循省颠毛荷鬼神。
康熙三年（1664）牧斋卧病不起，距“丁亥（即顺治四年）羁囚”已十七年之久，但他忆及当年情景，就像发生在眼前似的，依然历历在目，心有余悸，足见此事对他影响之深，可谓至死不忘！