1579年），情况已大不同。官府库藏空虚，尚未恢复。当年海瑞疏浚吴淞江，工程款皆地方自筹，甚至寅吃卯粮，苏松库藏已被掏空，尚未缓过气来，自然无力赈济。至于富户乡官，则或因退田，或因遵海瑞之令仅留口粮，其余皆借贷民间，内囊也罄了。

    此中内情，徐阶心中了然。当年海瑞迫富户贷粮，徐阶深知其弊，致书知府衷贞吉称：“那海瑞为民的心思很恳切，但他逼迫富户出借粮米，引来奸诈者趁火打劫，他们把富户留存的口粮都指为余粮，强行借贷，把富民掏空，富民怎么存活呢？富民不是民吗？更兼奸诈者今日拥入富户甲家，明日拥入富户乙家，富户掏空，老实贫困的老百姓只能坐以待毙了。这岂不是利奸诈而毙良善吗？”可见所称富家，当年也“罄其所有”了。

    当晚，徐阶披衣掌灯，文不加点，挥毫书写《上太岳少师乞救荒书》，恳请时任首辅的学生张居正伸援手，救万民。在书中，徐阶描述了惨不忍睹的水灾情景，阐述了“苏松之人，素习耕作，一失农业，便无可谋生”的危害，哀诉了受灾百姓希望官府发粮救济，可是官府的库藏早已空虚，想到大户家借粮，大户家的粮仓早已枯竭，想到邻县行乞，可是周边都遭水淹。肯求朝廷破格减免应征赋税，发粮赈灾。首辅张居正拆阅《上太岳少师乞救荒书》，不敢怠慢，立即复信恩师，称苏松地区久雨成灾，百姓遭溺的原因都是因为执政者不称职所致，对海瑞应天之政做了批评，解释了朝廷迟迟未有举动实因需要调查受灾程度，最后决定减免松江当年税收一半，地方税收也减半，马价银、颜料银、马草银等苛捐杂税一概豁免。统计下来，仅松江一府，减征大米二十二万石，同时发粮赈济灾民。