绝不接受共和党人的领导。大选后四天，南卡罗来纳州的参议员便离开首都。

    1860年12月20日，南卡罗来纳州的奴隶主召开代表大会，宣布“南卡罗来纳与其他各州之间现存的以美利坚合众国为名的联邦从此解散”。1861年2月4日，南卡罗来纳、密西西比、亚拉巴马、佛罗里达、佐治亚、路易斯安那、得克萨斯这7个已宣布脱离联邦的州在亚拉巴马州的蒙哥马利城开会，2月8日，他们宣布成立“美利坚联众国”。选举杰斐逊·戴维斯与斯蒂文森为正副总统，并着手组织军队，拟订宪法，统一的美国已经分裂了。而这时的北方却在幻想通过妥协保持联邦的统一，因伪方的资产阶级同南方有着千丝万缕的经济联系，他们虽然反对奴隶制，却不愿以战争方式解决这个问题，他们担心战争爆发后合同不能履行、债务不能得到清偿。对于南部各州的分裂活动，即将卸任的总统布坎南更是采取了听之任之的态度，这使北方在战争爆发前的准备阶段十分混乱，给了南方以可乘之机。大量的资金和军事物资流入南部，大批军事人员脱离联邦军队为南部同盟服务。

    1861年3月4日，林肯在华盛顿正式就任总统。当他在这之前离开家乡到华盛顿时，脸上却找不到一点上任的喜悦，倒是充满了准备捐躯赴国难般视死如归的悲壮。上任后，林肯政府为使南部各州重新回到联邦中，做出了尊重各州的奴隶制和执行《逃亡奴隶法》的保证，林肯经过多年的政治生活磨炼已成为一个务实的理想主义者，在他的心目中既要废除奴隶制，又要维护联邦的统一。但南方不满足于这点妥协，他们还要求拥有建立新蓄奴州的权力，但共和党人在竞选时所提的口号便是“绝不再让给奴隶主一寸新的土地”，南方这个要求当然不可能得到通过。南部同盟给联邦政府的回答便是：战争。1861年3月6日，“南部同盟”临时议会授权戴维斯征召服役期6个月的民兵并接受10万名服役期12个月的志愿兵。

    至1861年3月12日，联邦在南部的要塞中只有查尔斯顿港还在合众国控制下。要塞司令罗伯特·安德森少校处境十分艰难，他就是在黑鹰战争中与林肯摔跤并取胜的人。南卡罗来纳州的叛军将安德森紧紧围困住，断绝了一切补给，因而，安德森向政府提出：若要他守住要塞，就必须给他运送武器和给养，并率军退到了坚固的萨姆特堡，萨姆特堡位于查尔斯顿港外的一座小岛上，堡内只有不足两百名官兵。北方以前向他派了一艘给养船只，因遭到南方的炮击而返航。

    为试探南方的态度与援救安德森部队，林肯召开了一次会议，决定派一艘船给要塞运送给养；在此之前要通知南方，这艘船只不过是给要塞里断了口粮的将士们送粮食的。若南方不予拦阻，那么政府的声望得到了保障，要塞内官兵的性命也都保住了；若是南方真的动武，那么打响战争第一枪的责任就落到了南方人的头上。与中国一样，当时的美国人也十分讲究不打第一枪，这样一来北方人民的愤怒也会被激发起来，要知道，没有这种群情激昂，仗是打不胜的。就在北方运送给养的船只从纽约出发的同时，南方也调集了大批军队向要塞进军了。

    1861年4月12日，那艘运送补给的船只还没有靠岸，南方政府派出的皮埃尔·博雷加德将军就率领全副武装的南部兵团把萨姆特要塞攻克，城头的国旗也被打成了两半，安德森投降。他率领守军列队开出堡垒，乘上一条救援船，朝北往纽约港，安德森的身上带着那面被打成了两半的国旗。美国南北战争就此爆发。