此后孙坚不再有，也没法再有任何讨伐董卓的劲头。在此一战中，公孙瓒的弟弟公孙越作为袁术的部将被派来帮孙坚的忙，却中流矢而亡。公孙瓒因此迁怒于袁绍，两家结怨。

    从此后，各地诸侯之间是真正的混战。势力最大的袁家也分裂成两派，袁绍袁术哥俩势如水火。袁绍是长子，但却是庶出，小老婆生的；袁术则是嫡出，哥俩都有看不起对方的理由。袁术看到天下的豪杰仰慕袁家的名声，却大多投靠了袁绍后大为吃醋，鼓动公孙瓒进攻袁绍，又派孙坚进攻和袁绍关系密切的刘表。刘表的将领黄祖哪里是孙坚的对手？然而，孙坚大胜之余乐极生悲，追击中反而一不小心被射死了。界桥一战，原来颇占优势的公孙瓒又被袁绍打败，袁术气得两眼发直也毫无办法，从此再也不能把刘表袁绍怎么样。

    这个讨伐董卓的联盟乱成一锅粥，名亡实亡的时候，长安那边却传来了好消息，董卓死了！

    董卓离开洛阳后，并没有立即前往长安，而是抵抗了一番孙坚的进攻，直到初平二年四月才亲赴长安。董卓不在的一段时间(大约一年)长安的朝政由司徒王允主持。王允为人不漏锋芒，处事得体，虽然暗中为东汉的朝廷考虑表面上对董太师却相当恭敬，因此深得信任。董卓到长安后把他在洛阳的那一套倒行逆施完整copy到了长安，又大搞裙带关系任人唯亲。在洛阳时，他还能装模作样地礼贤下士，自己的亲属也没有人担任要职。大概诸侯的反叛让他觉得别人都无法信任了吧，就把自己的弟弟侄子安插在要害官职上。自己的车驾服饰有如天子，也不上朝，把大小公卿都叫到自己府上“上朝”。又建造了鹛坞，高厚都有七丈，并且在里面储存了足够三十年吃的粮食，号称：“若不能雄据天下，就躲到里面去养老。”嘿嘿，作三十年缩头乌龟的打算都有了，还谈什么雄据天下？

    董卓也知道自己不得人心，也曾因此遇刺，于是就以弓马过人，恩若父子的吕布为保镖。可董卓为人偏激，曾经因为一点小过失对吕布大发雷霆，拔出手戟随手就扔了过去。吕布身手敏捷地避开后，两人都觉得太过分，互相道歉。然而，这件事不可避免地给吕布心中留下了阴影。吕布又和董卓的侍女私通，一直担心被发觉。诚惶诚恐之际，看到王允一副长者的模样，就把心中的忧虑以及差点被董卓杀掉的事情相告。暗中一直在算计董卓的王允怎能放过这个机会，不失时机地将自己的计划全盘相告，并极力劝说吕布入伙作内应，并称：“君自姓吕，本非骨肉。今忧死不暇，何谓父子？掷戟之时，岂有父子情邪！”吕布终于答应。就这样，董卓最信任的两个人一同开始了诛杀董卓的密谋。

    初平三年（公元192年）四月，董卓到长安后整整一年，王允吕布终于找到了下手的机会。当时十一二岁的汉献帝小病初愈，于是群臣进宫朝贺。董卓并不曾放松警惕，三步一岗五步一哨地前往宫中。然而，这些岗哨中夹杂了吕布安排的勇士十几人，专门“伺候”董卓。董卓一入宫门，就被吕布的老乡骑都尉李肃刺中了胳膊。董卓受了伤，掉下车后还在捞最后一根稻草：“吕布何在？”吕布应声而出：“有诏讨贼！”董卓这才明白，他的好儿子吕布，早就背叛了他！死到临头，估计他用尽世界上最恶毒的言语破口大骂后，被斩首。吕布立即取出诏书，声称但除元凶，从党不问。于是士卒欢呼百姓歌舞，长安城中大家都相聚痛饮庆祝董卓的败亡。皇甫嵩等人查抄了鹛坞，将董卓灭族后从中搜出黄金二三万斤，白银**万斤，其余的奇珍异宝不计其数。显赫一时的董太师，就这样永远地退出了历史舞台。

    平心而论，董卓并不是一无是处的人。然而他的暴虐不仁，可谓空前绝后。裴松之评论，夏桀商纣也好，暴秦王莽也罢，全都是历经岁月后才腐化堕落，倒行逆施。然而董卓从初平元年(公元190年)进洛阳到初平三年覆亡，前后仅仅三年间，罪恶昭彰，流毒四海，真是狼心狗肺，空前绝后。董卓进长安后，曾经问过德高望重的皇甫嵩一个傻乎乎的问题："你怕不怕我？"皇甫嵩的回答简明有力："你要是能够实行德政辅佐朝廷，我高兴还来不及，怎么会害怕；你要是胡作非为倒行逆施，天下谁不怕你，又何只我一个！"现在董卓大概会明白了，单纯依靠暴力搞得天下皆畏之时，也就是自己身首异处之日。