公文到达，州吏李昌认为玄奘的宏愿是罕见的，不应扣留他，就发了恻隐之心，催促玄奘赶快前行。

    玄奘买了一匹老马，收了一名叫石陀的徒弟，连夜上路出发了。

    慧琳、道整二个人不能忍受长途旅行的劳累和艰辛，很快就回凉州了。但艰难的行进使玄奘进一步下定了西行的决心，他暗暗发誓：不到印度，终不东归，纵然客死于半道，也决不悔恨。

    半夜，他和徒弟偷渡玉门关成功。但是，徒弟石陀宁死也不再愿意陪师父行。玄奘只好任他离去，孤身一人前进。

    在大沙漠上，看不到行人，黄沙之外，人、兽的骨骸便是生灵的行迹。顺着走，有时像在前面有大队人马在行动，其实这是在孤寂与恐怖的心理状态下产生的幻觉。玄奘行进到玉门关外的第一个哨口，等到夜间偷渡，还是被守卫发现，差点被箭射中。校尉王详同情他，得知他不愿东返，就劝他到敦煌修行。玄奘还是表示宁可受刑，也不停留。王详最后让他过了哨卡。

    玄奘过了哨卡，再前进是800里莫贺延碛，古代叫做沙河，是所谓是“上无飞鸟，下无走兽，复无水草”的地方。玄奘只身行走，默念《般若心经》，鼓励自己。

    走了100多里地，迷失了道路，见到水，牵马饮水，不小心把袋子掉到水里，路上用的东西都丢失了，又不知道向哪里走，于是决定往回走。

    但走了不多远，他突然想到，先前自己发过誓，不到印度不回头，今天怎么了，竟然往回走了？又想，宁可朝西走着死了，也不应该回去，想到这里，劲头来了，便改变方向，继续西进。

    随后的旅程更是充满了艰辛。白天黄沙飞扬，如同下雨，晚上看见人兽骨骸发出的磷火，闪闪烁烁，阴森可怕。最严重的是走了5个白天，4个夜晚，还没有见到水，干渴难以忍受。到第五个夜间，没有一点力气了，便躺倒在黄沙上。半夜忽然刮起风来，把他吹醒了。他立即爬起，又上路了。

    走了两天，出了流沙，到达伊吾，随后到高昌。可以说这是玄奘取经迈出了决定性的一步，经过这番磨炼，玄奘西行的意志更加坚定了。

    高昌王热情款待了玄奘，崇拜他，希望他留下传播佛教。玄奘的目的是往印度取经，于是他婉言谢绝。高昌王再三挽留他，玄奘还是不同意留下。

    高昌王以为用扣留的方式可以使玄奘屈服。玄奘用绝食来回答，三天滴水不沾。国王深为他的精神感动，就放他西行，还给他剃度4个徒弟，30匹马，25个侠役，并写了24封公文，给玄奘西行将要经过的各个地区的行政首脑，请求关照。高昌王的礼遇，是玄奘以前没有经过的，此后上路，在物质条件上，比前一段路程好多了。