屯田事务主要由各郡国典农官主持，遇有重要事项，例如对屯田地点的选择及处理屯田农民的逃亡等，则由屯田官直接向操请示办理。至于曹操领导下的司空、丞相府和魏国建立后的尚书台，都对屯田官起领导作用。以上邓艾以尚书郎在淮南大规模地兴办军士屯田就足以说明问题。其他如尚书“（何）晏等专政，共分割洛阳、野王典农部桑田数百顷”；司马炎为晋王时，“尚书令裴秀占官稻田”等事，都说明尚书台主管屯田事务，故尚书台官长能利用职权侵占典农部田，即所谓“近水楼台先得月”者也。

    曹丕代汉以后，随着军屯的普遍建立，设置了“专掌军国支计”的度支尚书。如《晋书》卷37《安平献王孚传》：

    初，魏文帝置度支尚书，专掌军国支计。朝议以征讨未息，动须节量……及明帝嗣位……转为度支尚书。孚以为禽敌制胜，宜有备预。每诸葛亮入寇关中，边兵不能制敌，中军奔赴，辄不及事机，宜预选步骑二万，以为二部，为讨贼之备。又以关中连遭贼寇，谷帛不足，遣冀州农丁五千屯于上邽，秋冬习战阵，春夏修田桑。由是关中军国有余，待敌有备矣。

    由此可见度支尚书的职掌是筹划军粮，足食济军。从这事例，更能说明为了供应军粮而兴办的屯田事业，归尚书台领导，自然是顺理成章的。

    吴、蜀二国虽然没有设置度支官，但吴国的节度官，则相当于度支尚书。《三国志》卷64《诸葛恪传》言孙权令诸葛恪“守节度，节度掌军粮谷，文书繁猥，非其好也”。后来代替诸葛恪为左节度的顾谭则“每省簿书，未尝下筹，徒屈指心计，尽发疑谬”。可见节度官是执掌军粮的算计、支付等所有军粮供应事务的。《三国志》卷39《吕乂传》言吕乂“徙为汉中太守，兼领督农，供继军粮。”《三国志》卷44《蒋琬传》载有“督农杨敏”，说明蜀汉亦有掌供应军粮的专官。

    屯田上的直接生产者多原为流民、降众、贫户及无法进行安全耕种者。当他们成为典农部民以后，身份变成依附性甚强的“屯田客”。“客”，名义上是由招募而来，所谓“募民”、“募良民”、“募百姓”、“募贫民”。但，实际多出于强制，而非自愿。后来曹操听从袁涣宜顺民意，不欲者勿强的建议，才改变了已往强迫农民屯田的态度。唯就实际情况而论，曹魏统治者之募民屯田，不可能作到真正顺从民意，只是程度上的改善而已。比如《三国志》卷25《辛毗传》载曹丕欲徙冀州士家十万实河南。辛毗认为“今徙，既失民心，又无以食也”。曹丕“遂徙其半”。又如《晋书》卷26《食货志》言太和五年（231年）司马懿“表徙冀州农夫五千人佃上邽”，当也系强制迁徙之例。

    前已叙及，典农官是独立于郡县之外的专为供应军粮而设的机构，为了维护典农工作的独立性，典农官与郡县官不同城治事。如《三国志》卷9《曹爽传》注引《魏略》言：“洛阳典农治在城外”；《水经注》卷7《济水一》亦言：“今荥阳东二十里有故陇城，即此是也，世谓之都尉城，盖荥阳典农都尉治”。正因为典农的治所及辖区与郡县隔离，所以日后典农辖地可改为郡县。典农与郡县虽不在一地，但彼此邻接，所以有时在争夺劳动力等重要问题上，仍难以避免纠纷和摩擦。例如《三国志》卷15《贾逵传》载：

    逵领弘农太守，……其后发兵，逵疑屯田都尉藏亡民。都尉自以不属郡，言语不顺。逵怒，收之，数以罪，挝折脚，坐免。

    曹魏统治者为了防止典农官和郡县官互相扯皮，有时也以太守兼领典农。例如曹丕即位后，赵俨“拜驸马都尉，领河东太守、典农中郎将”；孟康“正始中，出为弘农，领典农校尉”；傅玄在司马昭当权时，“再迁弘农太守，领典农校尉，所居称职”。在曹操时期，未见有人兼摄太守与典农官，曹魏后期兼领太守与典农之事虽然也是个别情况，但说明民屯已逐渐走向衰落。

    曹魏前期，典农官虽独立于郡县官之外，但在政治待遇上还是有所不及，其明显差异即典农官没有贡举权。曹丕时经过颍川典农中郎将裴潜“奏通贡举，比之郡国，由是农官进仕路泰”。前已叙及原为典农属吏的邓艾因上计而得到太尉司马懿的赏识和提拔；另外，少时与邓艾同为典农属吏的石苞也同样得到司马师的提拔，二人均致位将相。由于典农官源源不绝地供应军粮，而且屯田民又能耕能战，所以担任典农官者多能成名立业。曹操和司马懿是民屯和军屯的主要兴办者，曹操所以能够统一北方，司马氏所以能兼并蜀、吴，其主要原因之一，即在于他们兴办屯田的成功。