明朝的江山稳固后，朱元璋就视那些功臣为眼中刺，唯恐其威胁到皇权，于是大肆杀戮功臣。胡惟庸案后，皇权与相权的矛盾终于得到解决，然而皇权与将权的矛盾又突显出来。

    据说朱元璋在赐死开国功臣李善长时，太子朱标曾向朱元璋谏言道：“皇父诛杀的人太多太滥了，恐怕有伤和气。”朱元璋听了，没有作声。第二天，他把太子叫到跟前，将一根长满刺的棍子扔在地上，要太子捡起来。太子面露难色。朱元璋说道：“我让你拿棘杖，可是棘杖上有刺，你怕伤了手，若是把棘刺除去，就可以不必担忧了。你难道不明白我的苦心吗？我现在诛戮功臣，是在替你消除隐患。”谁知太子听了父亲的这番理论，大不以为然，反而应对道：“上有尧舜之君，下有尧舜之民！”也就是说，如果父皇是一位贤明的君主，那么臣子自然就会顺服，言外之意就是朱元璋过于残暴。朱元璋大怒，当即提起身前的几案就打太子，幸亏太子在惊慌中抛出负子图，使朱元璋忆起了与马皇后背负太子，同陈友谅作战的艰难岁月，太子才免遭杀戮。然而，朱元璋丝毫没有放松“剔刺”。

    洪武二十五年四月二十五日，三十九岁的皇太子朱标突然病死。朱元璋不得不重新考虑皇位继承人，他认为燕王朱棣和自己很像，为人阴鸷沉稳，想立他为太子，但遭到大臣的极力反对，认为与古礼不合，对其他皇子也无法交待。为避免继承问题上的矛盾，朱元璋不得已于洪武二十五年九月，仍按嫡长子继承制，立朱允炆为皇太孙。朱允炆为太子朱标第二子，才十六岁，性格很像他的父亲，待人宽厚。因为他的哥哥早逝，得以继嗣为嫡长孙。但年幼的他从未实习过政务，不像太子已有丰富的治国经验，与文武臣僚的感情也不如太子深厚。朱元璋唯恐孙子太年轻，威望和经验都不足以驾驭天下，万一有变故，他辛苦创建的大明王朝就有可能落入他人之手。于是，他横下一条心，重开杀戒，把一切可能危及朱家王朝的潜在势力通通铲除，军功显赫的蓝玉被杀也就势不可免了。

    蓝玉与朱元璋同乡，是开平王常遇春的妻弟（小舅子），早年曾在常遇春的帐下，临敌勇敢，所向皆捷。常遇春很是欣赏，数次在朱元璋面前称赞，于是朱元璋就把蓝玉由管军镇抚升至大都督府佥事。洪武四年四月，常遇春女册封为皇太子妃，蓝玉也就成为太子朱标的舅父。这桩政治婚姻表明，朱元璋有意通过联姻，拉拢功臣，使功臣集团继续成为皇权的重要支柱。

    明朝建立后，蒙古人虽然失去了对中原的统治，但在北方草原地区仍然有很大的势力，全国许多地区如山西、陕西、四川、云南、贵州等，仍在元朝统治者手中，时刻都是明朝的重大威胁。洪武四年蓝玉从傅友德伐蜀，克绵州。五年从徐达北征，先出雁门，败元兵于乱山，再败于土剌河。七年帅兵拔兴和，获其国公帖里密赤等五十九人。十一年同西平侯沐英讨西番，擒其酋三副使，斩获千计。明年，师还，封永昌侯，食禄二千五百石，予世券。

    沐英修建的昆明忠爱坊洪武十四年秋季，朱元璋命傅友德为征南将军，蓝玉为左副将军，沐英为右副将军，率步骑三十万，往征云南，诸蛮部一律降服，云南悉平。沐英偕蓝玉与傅友德等会集滇地，联名报捷，并筹办善后事宜。明太祖念沐英功，遂命沐氏世守云南。蓝玉也从此受到明太祖赏识。洪武十六年三月甲辰，召征南师还，沐英留镇云南。

    洪武二十年，元太尉纳哈楚，拥众金山，屡侵辽东，朱元璋命冯胜为大将军，傅友德、蓝玉为左右副将军，率师二十万北征。明军在“金山之役”中取得了成功，降服了元将纳哈楚。但是，北元衰微后，原元朝统治区出现了多个蒙古割据政权，纳哈楚只是其中的一个。纳哈楚降明，只能说明朝降服了一支最有实力的蒙古割据政权，解除了其对明朝的威胁，但不代表蒙古诸部都已降明。这种情况下，明太祖委任蓝玉为大将，征讨下一个主要的目标脱古思帖木尔，他认为“肃清沙漠，在此一举”，因此要求蓝玉勿失时机，必须成功。洪武二十一年（1388年）三月，蓝玉率师十五万北进，四月来到捕鱼儿海（今贝加尔湖附近）。这一次战役，抓获脱古思帖木尔的次子地保奴、嫔妃公主等一百二十三人，又追获吴王朵儿只、代王达里麻及平章以下官属三千人、男女七万七千馀人，并宝玺符敕金牌金银印诸物、马驼牛羊十五万馀，焚甲仗蓄积无数。捕鱼儿海战役是北元贵族遭到的最大的失败，自脱古思帖木儿死，蒙古内部就开始陷入了连绵不断的内讧之中，其间虽然有过几次统一，但对明朝始终未能构成倾覆性威胁。胜利消息传到京师，明太祖大悦，遣使劳军，谕中比蓝玉为卫青、李靖，晋封蓝玉为凉国公。

    蓝玉在洪武二十五年六月自西北罕东地区南下川西建昌平定月鲁帖木儿叛乱。就在帝国所有军事行动基本结束不久，将帝**事将领几乎一网打尽的“蓝玉奸党案”即告爆发。

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