同治九年七月二十六日上午，两江总督马新贻阅兵回府途中，遇其同乡王某跪道求助，新贻正欲询问，道旁突然窜出一人，向新贻打千请安，而不转瞬间，此人已自靴筒拔出一把利刃，直刺新贻左胁。匕首由下至上刺入後，此人又急转刀刃自上而下拽出，据目击者称：碎肠随刃而出，匕首也卷成螺旋弯刀。行刺发生在电光火石之间，随行军士救护不及，待一拥而上捉住刺客，总督已奄奄一息，不省人事。午夜，新贻伤重不治身亡。
消息传到北京，慈禧“不胜骇异”，即命江宁将军魁玉对所获刺客“严行讯究”，同时，又命直隶总督曾国藩火速赶往南京，接任两江总督，弹压局势。这一边，魁玉提审刺客，孰料此人除了自称张文祥、河南人氏以外，便不再言语，故审讯多日，茫无头绪；那一边，曾国藩闻命调任，即上摺告病，请朝廷收回成命，另请高明。这么一拖延，便过去了五十多天。
自太史公首创《刺客列传》之体，大力表扬曹沫等五位刺客，其後，吾国史书中便再无显著的刺客事迹。秦以前之春秋、战国时代，群雄割据，无一定之尊，故匹夫行险，以刺敌君，或有望于改变局势；秦汉以後，中央集权制度不断完善，帝王承继俱遵血统，即能刺杀皇帝，不过令其子孙兄弟提早继位而已，并不足以改换天下。以此，刺客逐渐消亡。张文祥实为元、明以来六百年间出现的第一位刺客，其动机究竟如何，实在令人困惑。慈禧亟欲解惑，故对临事告假的曾国藩十分不满，于九月末急召国藩入京，促其赴任。
二十六日，养心殿内。慈禧先慰问曾国藩的病状，国藩称右眼已经失明，慈禧曰：我看你行走磕头，精神尚好？国藩说：“精神总未复原”。见他还有请病假的意思，慈禧不再客气，单刀直入问道：“马新贻这事，岂不甚奇？”国藩答：“这事很奇。”又问：“马新贻办事很好？”答曰：“他办事和平精细。”尔後，又问了幾句何日启程的话，国藩便退出殿门，回寓整理行装。只是，他这一去，又是十幾日不见动静，慈禧不得已，于十月九日，又将他召进宫里，问他到底准备什么时候动身。国藩盖欲采用能拖一天算一天的对策，答曰：“明日进内随班行礼，礼毕後三两日即启程。”慈禧对这种态度很不满意，加重了语气，说：“江南的事要紧，望你早些儿去！”再拖不下去了，十五日，国藩启程南下。
去南京之前，曾国藩刚被天津教案搞得焦头烂额。撇开排外、媚外的道德判断不说，自今日平心而论，曾氏办理此案，确实不尽人意。他既未坚持独立自主的外交及法律原则，也未能实现一己心愿，大事化小，安抚民众，而终于落得个进退失据、里外不是人的下场，所谓“外惭清议，内疚神明”。这时候，中央命他南下去处理谋杀案，正可借机离开是非之地，何尝不是一举两得的好事；他却迟迟不动身，难道真的心力交瘁，不堪任重？或者，江南那件案子竟有隐情？
我们先看看他动身之际，南京方面的办案情况。魁玉、张之万经过两月之久的“熬审”，终于向北京提交了案情综述：张文祥前曾加入太平军，太平天国覆亡後，又与海盗有染。马新贻曾任浙江巡抚，捕杀海盗甚众，其中多为张氏死党，故文祥怀恨在心。又、张妻被人诱逃，文祥尝至抚署击鼓鸣冤，新贻却不受理这桩绿帽案，文祥乃萌杀心。此後，文祥私设当铺，以为糊口，新贻却发布一道禁令，将全省私当尽行关闭，文祥因此“本利俱亏”。于是，家破人亡的文祥“追念前仇，杀机愈决”。在同治七、八年间，文祥即数次图谋行刺，因种种原因不克得手，直到本年七月二十六日，才找着机会，刺杀成功。
粗一看，魁、张的报告用层层渐进的方式，揭示了张文祥在友谊、爱情、财富等方面受到马新贻“无情”打击的事实，似能重构张文祥的杀人动机；但是，慈禧仔细一琢磨，觉得尚有“不实不尽”之处。毕竟，捕杀海盗是政府行为，而非马氏一己所能决定；老婆跟人私奔了，丈夫机算憋屈，终究不能拿地方官做出气筒；因宏观调控而导致生意破产，心生怨恨，情有可原，而以此便决定刺杀一省之长，且历三年之久不改其志，也不能令人信服。既有这么多疑窦，慈禧便不甘心就此将此案了结，乃批示：此奏“不足以成信谳”，著曾国藩抵任後再审再报；同时，命刑部尚书郑敦谨也赶赴南京，会同审讯。此案定性似已由恶性刑事案升格为政治案；若是政治案，则张文祥背後必有“主使”，或另具更为险恶的动机。
当然，若说曾国藩因此案过于复杂而惮于南下，则是小瞧了他；他能率兵平定大半个中国的叛乱，难道还搞不定一件谋杀案？但是，他又确实表露出不愿南下的意思，莫非，其时哄传于士民之口的“非官方”案情版本吓住了他？
张文祥为何刺杀总督？除前述魁、张所奏案情外，还有以下幾个版本。
一说。张文祥原为捻军，眼看造反事业江河日下，遂“怀反正之志”。适逢清军徐姓者被己军俘虏，文祥乘机与其结纳，共誓：苟富贵无相忘；随後，二人一齐逃出太平军营。徐为山东人，与时任浙抚的马新贻有乡戚之谊，因此关系，作了巡抚标兵营材官；文祥以“髪逆”卑职投诚，无法在清军中谋职，徐氏便给他本钱，助他在宁波开了间小当铺。虽未富贵，文祥对徐氏慷慨疏财还是十分感激，日思有所报效。一日，文祥到杭州看望老友，二人畅饮叙旧，酒酣，徐慨然曰：老话说窃钩者诛，窃国者侯，可真一点不假！我辈小人，不幸被掳，辛苦逃归，官老爷们犹时刻提防，动辄以“重治贼党”相威胁。早知今日，当日我竟从了贼党，也落得个清爽！更教人寒心的是，那堂堂节帅实为大大的奸臣，却无人识破。老弟你说，天下更有比这不平的事体么？文祥一听，徐大哥话里有话，“固询之”。徐氏这才透露了一桩阴谋：马新贻是“天方教”（即伊斯兰教）徒，半个月前，西北回部“叛军”颁给马氏一份密诏，说目今大兵已定新疆，不日便将“剿灭”与之作对的左宗棠楚军，入关东下。所有江浙一带征讨事宜，俱都委托马氏办理。马氏旋即复函，称“大兵果定中原，则东南数省悉臣一人之责”云云。文祥一听，拍案大呼：“此等逆臣，吾必手刃之！”不久，马氏下令禁止私人开当，文详失业破产，遂正式谋划刺马。
一说。被捻军俘虏的不是什么徐某，而是马新贻本人。新贻善辩能言，被俘後，说动了张文祥及曹二虎、石锦标，与三人结拜为兄弟，一齐出逃。新贻随後官运亨通，文详等人也鸡犬升天，各得优职。然世间自有一种贵人忘旧的传统，新贻未能免俗，对把兄弟们逐渐冷淡起来；世间又有一种朋友妻尽可欺的陋德，新贻不幸沾染，一来二去竟勾搭上曹二虎的美貌娘子；世间更有一种奸夫淫妇谋杀亲夫的恶行，新贻躬蹈其辙，设下毒计，终以谋反罪冤杀了二虎。文祥笃于友道，经此人伦巨变，伤心欲绝，乃辞职亡命，隐藏形迹，苦练近身格杀之技，终于复仇成功。
前说谓其为国锄奸；以常理论，文祥对大清国之爱似无此深沉，至多检举而已，毋庸轻生犯难。後者称其为友复仇，较合乎人情。但是，还有两种版本，更为惊险。
两江总督，名义上管理江苏、安徽、江西三省事务；而仅在江苏一省之内，总督（南京）、巡抚（苏州）、提督（清江浦）、漕督（淮安）便构成四分天下之势，总督“号令不出一城，遑问皖、赣”。两江是全中国最富之区，若督抚不和，争执必较他省更形激烈。同治元年至七年，两江总督由曾国藩担任，苏州巡抚则依次为李鸿章、李瀚章和丁日昌；鸿章为曾氏弟子，瀚章是曾氏老下级，日昌则由鸿章一手提拔。此四人不啻一家人，故无所谓争斗。直到同治七年，慈禧将曾氏调到直隶，任命马新贻为两江总督，久违了的督抚相争才开始上演。演到激烈处，丁日昌连儿子也赔了进去。
八年九月某日，乘其父因公出差，丁公子惠衡带了帮朋友出外嫖娼。在妓院内遇到一群水师勇兵，双方争风吃醋，导致群殴。惠衡一帮打不过，急招巡抚亲兵营助拳。亲兵人多势众，将水勇全部拿下。丁公子下令“棍责”，不想行刑者下手太狠，竟将水勇钱有得乱棍打死。闹出人命，事情就搞大了；何况，水师一贯嚣张——曾国藩都称之为“长江之害”——要摆平此事，难度极大。当然，日昌与李鸿章交情极深，倘由李氏出面斡旋，水师的元