月遣送他入吐蕃，习学佛法。从此，他长期居住于西藏萨迦大寺，更名为合尊法师，号木波讲师，过着清苦孤寂的庙宇生活，终日以青灯黄卷为伴，潜心于学习藏文，研究佛法。多年的苦读，使他通晓了藏文，贯通了佛学，成为佛门学问僧，一度担任过萨迦大寺的总主持。他进而从事佛经的翻译，译成《因明入正理论》、《百法明门论》等经文问世，被藏史学家列入翻译大师之列。

    据说，恭帝在西藏为僧时，一次，元朝皇族赵王经过寺院，见他年老孤单，颇为同情，留下一回族女子与他作陪，公元1320年，回女生下一子，正巧元明宗经过，十分喜爱这刚生下的婴儿，便要了去作为养子，取名为妥欢贴睦尔，就是日后的元顺帝。又说明成祖朱棣在观看历代帝王像时，见到元顺帝画像时惊异地说：“他怎么不像元朝列帝而像宋朝列帝？”不过，不少学者认为此说不可靠。公元1323年，恭帝因诗文而遭受文字狱之灾，被屈杀。藏史学家都对他的冤死而深表同情。

    纵观恭帝一生，就地位而论，他从南宋的皇帝被降为元朝的臣子，最后成为吐蕃的佛门高僧，不可谓不奇特；就居住的地方而论，他从景色如画的江南迁居北方的幽燕，又迁居于天高云淡的蒙古高原，最后长期定居于西藏境内，不可谓不罕见；从相处的民族而论，他出身汉族，后和蒙古族相处，最后与藏人生活在一起，不可谓不富于传奇性。恭帝一生的经历，在中国列代帝王中是绝无仅有的。但是，就他本身而言，坎坷的经历给他带来了不幸，然而，就历史作用而言，他却为增进汉、蒙、藏等族人民的文化交流做出了一定的贡献。