“北京人”头盖骨化石失踪，造成世界科学史上的重大损失。北京猿人即“直立北京人亚种”，1921—1923年发掘于北京市西南郊周口店镇西的龙骨山，1927年开始系统发掘，1929年12月2日，著名历史考古学家裴文中教授首先发现了第一个保存完整的北京猿人头骨，这一重大发现震动了整个国际学术界。北京猿人化石是古人类研究史上的重大发现，是全人类的共同财富，成为举世公认的瑰宝。1937年七七事变爆发后，北京人遗址被迫停止发掘，“北京人”化石不得不转存于北平协和医院实验室。1941年12月，太平洋战争爆发，北平协和医院将“北京人”化石送交美国海军代为运出，后来传说该文物在秦皇岛附近遭日军截夺。从此，“北京人”化石便下落不明。抗战胜利后，虽经国民政府及民间组织多方查找，最终也一无所获。关于“北京人”失踪之迷，本书将专章讨论。

    庐山标本化石损失。战后，据庐山森林植物园负责人荣仁昌函报，“以庐山植物园植物标本图书79大箱、及中央研究院奇珍图书及岩石标本一批约200箱，均为日军运走，拟恳查明当日驻牯日军长官”。中国第二历史档案馆档案，全5，卷11696。

    中央研究院殷墟古物、拓片、书籍损失未列详单，中央研究院历史语言所损失1052箱标本，内有考古组的人兽骨、陶片等珍贵标本954箱。

    1945年11月11日，北平静生生物调查所接受保管员夏纬琨呈报该所损失，“查静生生物研究所建立于中华民国17年，以调查研究中国动物植物，发扬中国学术为宗旨，为一纯粹学术机关。历年搜集动物标本三十余万件，植物标本约22万号，多系罕见品种，购置图书十余万卷，欧美杂志三百余种，尤多绝版文献。家具仪器设备完善，楼房建筑宏壮，开辟以来，成绩卓著，研究工作，世界驰名。不幸于民国30年12月8日被日军第1855部队所属之篠田部队强行占据，索取建筑图案及一切物品清册，并将原有职员一律解散以蛮横之日军进住所内秘密行动，不知作何阴谋。4年之间该所设备破坏不堪。日本投降消息传来之后，该罪首篠田统将其阴谋证据及文件焚烧数日，畏罪潜逃，仅留兵役数人打扫房屋。职于上月17日奉令接受检查，结果损失奇重。”《教育部平津特派员办公处关于各机关学校赔偿损失往来文书》，中国第二历史档案馆档案：全5，卷1632。

    清废帝溥仪被赶出故宫时带走的大量珍贵文物，其下落是我国文物史上的又一不解之谜。1924年12月24日，溥仪被冯玉祥将军驱逐出宫，溥仪随从带走大量所谓“私人财产”，其中包括经过精心挑选的众多国家级文物。溥仪出宫后，躲进日本公使馆。1925年2月，溥仪秘密潜往天津，在天津日租界内设立“行宫”，仅密藏在日租界张园内的故宫文物和珠宝即达七十多箱。战后，溥仪自己提供的材