大悲殿是明代惠安土益顺设计的，建筑上很有特色，殿基用白石砌成，高约2米。殿通高20米，原为八角形的木建筑，顶部分为三层檐垣，由下而上逐层向内收缩，均为八角形，每只角上雕着龙尾，条条翘向青天，而龙头却雕在第三檐垣上的一座宝塔上。远远望去，只见条条青龙从最低层往上爬上塔顶，有扶遥直上云天之势，别具一格。后人有诗赞曰：“檐飞龙舞翠云光，巧夺天工耀鹭乡。智慧结晶存古刹，功归劳动永流芳。”大悲殿后来因毁于火，1930年住持僧太虚法师重建，改用混凝土仿木结构，效果逼真。殿内供奉四尊观音菩萨。

    大悲殿后面的藏经楼，三重檐两层楼。楼下是法堂，为僧人讲经说法之所。二楼为玉佛殿，供着不少玉佛，有缅甸赠送的释迎牟尼涅架白玉像，明宣德元年（1426铸造的铜观音菩萨施甘露像，明代民间雕塑家何朝宗所做的白瓷观音像。楼上还收藏有大量中外佛典经书，有影印的宋代《债砂大藏经》，口本《大正新修大藏经》，口本翻译的明版仿宋木刻《大藏经》，还有明代崇祯年间比丘胜旭等人用自己鲜血抄写的《妙法莲华经》。

    南普陀寺内外还有许多碑记石刻，如明万历二十九年（1601）陈弟、沈容题名石刻，他们都是抗楼名将戚继光、俞大酞的好友，文武双全，有爱国思想的人物；有乾隆御制碑，其中记述有关台湾林爽文、庄大田起义的有关史料。在藏经楼后面悬崖上，刻着一个很大的“佛”字，高一丈四尺，宽一丈，是光绪三十一年（1905）寺僧振慧写的。

    南普陀寺地处厦门，是闽侨朝圣的主要寺庙，而且和口本、缅甸、泰国、菲律宾、马来西亚、新加坡等地的寺庙有着密切联系，历来香火旺盛，游人不绝。