目之为骄奢僭罔，这些都还可以容忍。最使万历感到不可饶恕的是张居正对别人奉承他为当今的伊尹居然安之若素。伊尹是商代的贤相，辅佐成汤取得天下。成汤去世，又辅佐他的孙子太甲。太甲无道，伊尹就废之而自代。经过三年，直到太甲悔过，伊尹才允许他继续做商朝的君主。由于十年来的朝夕相处，万历对张居正毕竟有所了解，他并不相信张居正真有谋逆篡位的野心，然而张居正以师尊和元辅的身分经常对皇帝施加压力，难道不正是当年伊尹的翻版吗?张居正成了伊尹，皇帝自己又岂非无道的太甲?

    对于张居正及其遗属的处理，在1583年夏季以前，万历已经褫夺了张居正三个儿子的官职，撤销了张居正本人生前所得到的太师头衔。尽管情况仍在进展，但是他仍想适可而止，以全始终。又过了一年，即1584年阳历五月，辽王的王妃控诉张居正生前出于个人恩怨，又为了攘夺府邸而蒙蔽圣聪，废黜辽王，理应籍没。这时万历觉得张居正竟敢侵犯皇室以自肥，实属罪无可逭，因此下决心同意了这一请求。

    张居正死后两年再被抄没家财，在技术上还造成了一些更加复杂的情况。按本朝的习惯，所抄没的家财，应该是张居正死后的全部家财，这两年之内被家属花费、转移的物资钱财必须全部追补，即所谓“追赃”。而应该追补的数字又无法有确切的根据，所以，只能根据“情理”的估计。张居正生前毫无俭约的名声，负责“追赃”的官员即使意存袒护，也决不敢把这个数字估计过低。张居正的弟弟和儿子在原籍江陵被拘留，凑缴的各种财物约值白银十万两以上。这个数字远不能符合估计，于是执行“追赃”的官员对张居正的长子张敬修严刑拷打。张敬修供称，确实还有白银三十万两寄存在各处，但招供的当晚他即自缢身死，几天之后，张家的一个仆人也继而自杀。

    抄没后的财物一百一十台被抬进宫门，其中包括御笔四纸，也就是当年皇帝赏赐的、称颂张先生为忠臣的大字。财物中并没有值得注意的珍品。万历皇帝是否亲自看过这些东西或者他看过以后有无反应，全都不见于史书的记载。当日唯一可能阻止这一抄家措施的人是慈圣太后，但是她并没有这样做，也许她正在为她父亲武清侯李伟的去世伤悼不已而无心置问。李伟死后被封为国公，并允许长子袭爵。要是张居正还在，这种本朝前所未有的殊荣旷典是决不可能被授予的，他一定会用爱惜朝廷名器这一大题目出而作梗。仅凭这一点，慈圣太后也不可能再对张居正有任何好感。

    在抄家之后，有两个人呈请皇帝对张居正的老母额外加恩。万历一面批准以空宅一所和田地一千亩作为赡养，一面又指责了这两个呈请者。大学士申时行遭到了温和的申诫，刑部尚书潘季驯则由于夸大张氏家人的惨状而被革职为民。

    事态既然发展到这一地步，万历已经无法后退。对这两年的一切措施，也有必要向天下臣民作出交代。要说张居正谋逆篡位，一则缺乏证据，二则对皇室也并无裨益，所以，在抄家四个月之后，即1584年阳历九月，才正式宣布了总结性的罪状：“诬蔑亲藩，侵夺王坟府第，箝制言官，蔽塞朕聪，专权乱政”，本当剖棺戮尸，仅仅因为他多年效劳，姑且加恩宽免。他的弟弟和两个儿子被送到烟瘴地面充军。

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