当阿黑麻在阿克苏和吐鲁番统治着东蒙兀儿斯坦和畏兀儿斯坦时（1486－1503年），其兄马哈木继承其父羽奴思在塔什干和西蒙兀儿斯坦的统治（1487－1508年在位）。前文已经提到，撒麻耳干的末代帖木儿朝人于1488年企图从马哈木手中收复塔什干，但是被他在该城附近的奇尔奇克，或帕拉克打败，塔什干仍是蒙古可汗的驻地。不幸的是，马哈木犯了一个大错误，他接纳了著名的穆罕默德·昔班尼，在当时昔班尼只是一个冒险者，前来以剑为马哈木效劳。马哈木认可了他的服务，把突厥斯坦城作为封邑赐给他（1487－1493年）。昔班尼在对他过分信任的马哈木的支持下，从末代帖木儿王朝汗王手中夺取了不花刺和撒麻耳干，并于1500年使自己成了河中之王。马哈木有理由为自己的慷慨感到后悔，因为昔班尼在一得到河中之后，就反过来对付他。马哈木向其弟阿黑麻求援，阿黑麻匆忙从畏兀儿地区赶来。但是，兄弟俩被昔班尼打败，并在费尔干纳、浩罕东北的阿赫昔战役中被俘。尽管昔班尼尽情地嘲弄了马哈木的天真（他把自己的成功归于马哈木），但是，这一次他对他们很客气，并立即释放了他们（1502－1503年），但他保留了塔什干和赛拉木城。其后不久，阿黑麻于1503-1504年冬在阿克苏因瘫痪去世。马哈木愚蠢地再次落入了昔班尼之手，这次昔班尼在忽毡附近处死了他（1508－1509年）。

    马哈木之死标志着察合台后裔最后被逐出西突厥斯坦。他们被赶回天山东部之后，在那里又过了一百年。在畏兀儿斯坦，即吐鲁番、喀拉沙尔（察力失）和库车，阿黑麻的长子满速儿汗在其父死后被承认为可汗，他统治上述地区达40年（1503-1543年）。统治之初，他碰到了许多困难。喀什的杜格拉特部异密阿巴扎乞儿进入阿克苏，在那里掠夺了察合台后裔们的财宝，之后，继续去摧毁了库车和拜城。1514年，轮到满速儿之弟赛德汗从阿巴扎艺儿手中夺取喀什（1514年5－6月）、叶儿羌和于阗，并迫使他向拉达克山逃亡。在这次反对杜格拉特叛乱的战争中；赛德汗得到忠实于察合台家族的另一位杜格拉特人、历史学家杜格拉特·米儿咱的支持、从此，赛德汗将统治着喀什噶尔本土（1514－1533年在位），而其兄满速儿（1503－1543年在位）统治着蒙兀儿斯坦（伊犁和裕勒都斯）和畏兀儿斯坦。两兄弟之间的亲密关系确保了中亚的和平。“旅行者们可以十分安全地从费尔干纳到哈密，然后进入中国。”

    杜格拉特家族的继承人穆罕默德·海达尔二世（即海达尔·米儿咱）撰写的《拉失德史》证明了在那个时期察合台和杜格拉特家族的后代们已经