尽管除掉了萨满阔阔出，但新兴的蒙古帝国仍保留了以萨满教为基础：古突厥－蒙古人的万物有灵论，其中或多或少杂有袄教和中国文化的成分。大汗是神的表现，神仍是腾格里（即天或天神）。在某些方面类似于中国的天，更不用说像伊朗人的阿马兹达神了。成吉思汗的所有子孙们，无论是在远东没有完全中国化者，或者是在突厥斯坦、波斯和俄罗斯没有完全伊斯兰化者，都宣称他们是腾格里（天国）在地上的代表：他们的统治是腾格里的统治，反他们就是反腾格里。
成吉思汗本人似乎特别崇拜耸立在斡难河河源的不儿罕合勒敦山（今肯特山）上的神。在他发迹之初，当他从劫持了他的妻子的蔑儿乞人中逃脱（多亏了他的骏马）时，他就是到这座山上避难的。他像一位朝圣者一样立即爬上山。按蒙古习惯，他首先脱帽和解下腰带搭在肩上，以示顺从，然后跪拜九次，并用乳酒（即牧民的酒，是马奶发酵制成）作奠祭仪式。同样，以后在他发动进攻北京金国的大规模“民族”战争之前，他又到不儿罕合勒敦山重复这一朝圣，以同样恳求的态度，他解下腰带搭在脖子上，祈祷说：“呵长生天！我已武装起来，要为我的祖先们所流的血报仇，金人辱杀他们，若你许我复仇，请以臂助！”拉施特记下了这些话。其他史籍表明，在出征前夕他将自己闭于帐中，三天独自与神在一起，在他周围的人不断祈祷“腾格里！腾格里！”第四天，这位得到天助的汗终于走出帐，宣布苍天将保佑他获胜。
从这种以山峰和河源为崇拜物的古代万物有神的宗教中发展成仪式，穆斯林作家们和基督教传教士们对此都有记载：登上圣山的顶峰以便靠近腾格里，呼唤腾格里，解下帽子和把腰带放在肩上，以示服从，责任落在大汗本人身上；当天雷鸣时，也就是说当腾格里显示愤怒时，暗示要注意，不要弄脏泉水，因为它们是精灵出没之地，或者说，禁止在小溪中洗澡和洗衣服（最初，这一法令引起了穆斯林社会的严重误解，他们是坚持沐浴的）。蒙古人在对天和巫术的迷信恐惧中还感到，在信奉萨满外，还兼容神的其他代表是明智的，换言之，是容忍可能拥有超自然威力的任何教派的首领们，如他们在克烈部和汪古部中发现了聂思托里安教师，在回鹘和契丹人中发现了佛教僧侣，以及来自中国的道士，西藏的喇嘛，方济各会会士或穆斯林的毛拉。他们对各教派的首领表现出来的优待为他们的腾格里信仰提供了一种特别的保证。于是，普遍的迷信恐惧产生了普遍的容忍，直到突厥斯坦和波斯的成吉思汗后裔们失去了这种因迷信而产生的恐惧之后，他们在世界观和行为上才变得不宽容了。
建筑在这些原则基础之上的蒙古国家从回鹘人那里借来了文明的工具——文字和官方语言。如上所述，在乃蛮国于1204年被推翻时，成吉思汗任用已故塔阳的掌印官、回鹘人塔塔统阿。塔塔统阿担负着教成吉思汗儿子们用回鹘字书写蒙古语和用塔马合（即帝国印章）签署官方法令的任务。在这些新事物中可以觉察出总理公署的萌芽。从1206年起，成吉思汗任命失吉忽秃忽为大断事官，失吉忽秃忽是塔塔儿人，自幼由成吉思汗及妻子孛儿帖收留和抚养长大。失吉忽秃忽负责用回鹘字写蒙古语音以记录审判的决议和判决，掌管表明蒙古各贵族中居民分配情况的花名册，被称为“青册”。初期的这些工作导致了实用法典的产生，其次是产生了家系手册，或用伯希和另有的说法：“蒙古的多齐埃种类”。
成吉思汗后裔的“札撒”（yasaq），字面意思是“规章”或“公共法典”，其初本（或帝国大典）定于1206年召开的库里勒台上。通过札撒，得到天助之力的大汗对其人民和军队实施了上天制定的严格的纪律（民和军的范畴很难区分）。法典确实严厉：谋杀、盗窃、密谋、通奸、以幻术惑人、受脏物者等死。违令行为不论军、民都按公共法典与犯罪同样论罪。札撒既是民法典又是行政法典：是管理社会的实用的纪律。在法学领域内由成吉思汗“名言”或“箴言”（必里克）组成，这些箴言像札撒一样末能流传下来。
蒙古纪律产生的结果令西方旅游者吃惊。1206年的库里勒台之后大约40年左右，方济各会传教士普兰·迦儿宾从蒙古回来后写道：“鞑靼人（即蒙古人）比世界上的任何民族都更加服从自己的统治者，甚至比我们的牧师对他们的修道院院长更顺从。他们非常崇敬长官，不对他们撒谎。他们之间很少互相争吵和谋杀。只有小的偷盗行为。如果他们中的一个人丢了他的牲畜，拾者可能会物归原主，绝不会纳为己有。他们的妻子很守节，甚至在她们尽情欢乐时也是这样。”如果有人将这幅图画与成吉思汗征服前夕蒙古境内的混乱状况相比较，或者与今天蒙古人的道德水平相比较，将会惊叹成吉思汗札撒给蒙古社会带来的深刻变化。
居于社会结构最高层的是成吉思汗家族：以大汗为首的黄金氏族（altan uruk），大汗的儿子们是王子（kobegun）。黄金家族在他们统治的被征服地区行使财产权，其方式与世界征服者的祖先们在他们小得多的草原故乡上实行的统治非常相似。划分给成吉思汗的四个儿子的牧地是未来成吉思汗诸蒙古汗国的萌芽。蒙古社会——或者说突厥-蒙古社会，因为成吉思汗从阿尔泰地区吸收了大批突厥部落——保留着贵族政治的特征。正是巴托尔德和符拉基米尔佐夫所研究的古代“草原贵族”，即勇士贵族（巴阿秃儿）和部落首领贵族（那颜），继续统率和操纵着社会各阶层：战士（或称亲兵），他们是完全自由的人（那可儿）；普通百姓，或称平民；最后是奴隶（乌拉干，孛斡勒），按理他们由非蒙古人组成。符拉基米尔佐夫在此识别了封建社会所有的各社会集团，在不同阶层上，封建社会的各社会集团以对个人效忠的世袭纽带而联系在一起。
在军队中也有同样的封建等级。个人效忠的纽带将十夫长（阿儿班）、百夫长（札温）、千夫长（敏罕）和万夫长（土绵）联系在一起。百夫长、千夫长和万夫长是由地位较高的那颜组成。在他们之下，军队的骨干是由自由人中的小贵族组成，他们取古突厥称号达干（蒙古语，答儿罕darqan），原则上，他们有权留下战争中掳掠的战利品和大规模狩猎远征中获取的猎物。顺便说，一些答儿罕是因其勇而擢升为那颜的。
正如符拉基米尔佐夫所描述的那样，军队这一“贵族性的组织”有自己的精锐：大汗的护卫军。护卫军（怯薛）约由一万人组成。护卫军中的士兵原则上分值日班