我自己，我此刻的下降是怎么回事，灵魂是怎样进入了我的身体之中的，——灵魂即使是在身体之内，也表明了它自身是高尚的东西。①
①同上书，第四卷，第八篇，第1章。
这就把我们带到了三位一体之中的第三个成员而且是最低下的成员，即灵魂。灵魂虽然低于nous，但它却是一切生物的创造者；它创造了日、月、星辰以及整个可见的世界。它是“神智”的产物。它是双重的：有一种专对nous的内在的灵魂，另有一种对外界的灵魂。后一种灵魂是和一种向下的运动联系在一起的，在这种向下的运动里“灵魂”便产生了它的影象，——那便是自然以及感觉世界。斯多葛派曾把自然等同于神，但普罗提诺则把自然视为是最低级的领域，是当灵魂忘却了向上仰望nous时从它里面流溢出来的某种东西。诺斯替派的观点，即可见的世界是罪恶的，可能就是受了它的启发，但是普罗提诺本人并没有采取这种观点。可见的世界是美丽的，并且是有福的精灵的住所；它的美好仅次于理智世界。在一篇论述诺斯替派见解（即宇宙及其创造者是罪恶的）的非常有趣的争论性文章里，他承认诺斯替派的学说有些部分，例如对物质的憎恨，是可以推源于柏拉图的；但他认为凡是其他那些并非来自于柏拉图的部分，都不是真的。
他对诺斯替主义的反驳有两种。一方面，他说灵魂创造物质世界的时候，乃是由于对神明的记忆所使然，而并不是因为它堕落了的缘故；他认为感觉世界是美好得正如一个可感世界所可能的那样。他强烈地感到，被感官所知觉的事物乃是美丽的：
凡是真正知觉到了理智世界的和谐的人，只要是有一点音乐感的话，谁能不感到可感的声音之中的和谐呢？哪一位几何学家或算学家能不欣赏我们在可见的事物中所观察到的对称、对应与秩序的原则呢？想一想绘画的情形吧：凡是以**的感官看见了绘画艺术的作品的人，决不是以唯一的一种方式在看见这件东西的；他们从眼前被勾画出来的事物里面认识到了深藏在理念之中的事物的表现，因而深深地被感动，并这样被唤起了对于真理的回忆，——这正是“爱”所由以产生的经验。如果卓越地再现于一个面容上的美的形象，能把心灵催向那另外的一个境域里去；那末凡是看见了这些在感觉世界中处处都在洋溢着的可爱形象的人，——这种巨大的秩序井然，就连遥远的星辰也都在体现着的这种形式，——当然就不会有一个人是如此之冥顽不灵、如此之无动于衷，竟致于能不被这一切带入到回想之境的，竟致于在想到从那种伟大之中所发出来的如此伟大的这一切时，而能不被敬畏之情所充满了的。凡是不能领会这些的，就只能是既不曾探测过这个世界，也不曾对于另一个世界有过任何的所见。（同书，第二卷，第九篇，第16章）
此外，反驳诺斯替派见解的还有另一种理由。诺斯替派认为，一切神明的东西都不与日、月、星辰相联系；日、月、星辰乃是被一种罪恶的精灵所创造出来的。在一切可以知觉得到的事物之中，唯有人的灵魂是多少具有一些善的。但是普罗提诺则深信天体乃是与神明相似的某些生物的身体，并且无可比拟地要优越于人类。按照诺斯替派的说法，“他们宣称他们自身的灵魂，即人类的最渺小的灵魂，乃是神明的、不朽的；但是整个的天体以及天上的星辰却与‘不朽原则’并没有任何相通之处，尽管这些比起他们自己的灵魂来要更加纯洁得多、可爱得多”（同书，第二卷，第九篇，第5章）。普罗提诺的观点以《蒂迈欧篇》的权威为其依据，并且这种观点曾被某些基督教的教父（例如欧利根）所采用。它对人们的想象是具有吸引力的；它表达了天体自然而然所激起的感情，并且使得人类在物理世界之中也并不那么太孤零。
在普罗提诺的神秘主义里，并没有任何阴郁的或者与美相敌对的东西。但他却是许多世纪以来可以称得上这一点的最后一位宗教教师。美，以及与之相联系着的一切欢愉，后来就都被人认为是属于魔鬼的了；异教徒和基督教徒都一样地颂扬着丑与污秽。罗马皇帝叛教者朱利安，也象他同时的那些正统基督教的圣人一样地以多须髯而自诩。这一切，在普罗提诺里面是丝毫都找不到的。
物质是由灵魂创造出来的，物质并没有独立的实在性。每个灵魂都有其自己的时刻；时刻一到灵魂就下降并进入到适合于自己的**之内。但这一动力并不是理性，而是某种与**颇为类似的东西。当灵魂离开身体之后，如其灵魂有罪的话，便必须进入到另一个身体里去，因为正义要求它必须受到惩罚。假如你今生谋害过你的母亲，那末到来生你就要变成一个妇人而被你的儿子所谋害（同书，第三卷，第二篇，第13章）。罪恶必须受到惩罚；但惩罚乃是通过罪人犯错误的激动不安而自然进行的。
我们死后还记得今生吗？对于这个问题的答案是十分合逻辑的，但并不是大多数近代神学家们所要说的。记忆只关系到我们在时间之中的生命，但我们最美好的、最真实的生命却是在永恒之中。因此，随着灵魂之趋于永恒的生命，它便将记忆得愈来愈少；朋友、儿女、妻子都会逐渐地被遗忘；最后，对于这个世界的事物我们终将一无所知，而只是观照着理智的领域。个人的记忆将不存在，个人在静观式的所见之中是不会查觉到自己的。灵魂将与no－us合而为一，而并不是其自身的毁灭：nous与个人的灵魂同时是二而一的（同书，第四卷，第四篇，第2章）。
在《九章集》第四卷论灵魂的篇章中，有一部分（第七篇）是专门讨论灵魂不朽的。
身体既然是复合的，所以显然不是不朽的；因此如果它是我们的一部分，我们便不是完全不朽的。但灵魂对身体是怎样的关系呢？亚里士多德（他的名字并没有明白地提了出来）说，灵魂是身体的形式；但普罗提诺反对这种见解，理由是如果灵魂是身体的任何一种形式，则理智的行为便会是不可能的了。斯多葛派认为灵魂是物质的，但灵魂的统一性证明了这是不可能的。而且，既然物质是被动的，它就不能创造出它自己来；如果灵魂不曾创造出来物质的话，物质就不能存在，而如果灵魂并不存在的话，物质转眼也就要消失。灵魂既不是物质也不是某种物体的形式，而是“本质”；而本质乃是永恒的。在柏拉图关于灵魂不朽乃是因为理念不朽的论证里面已经隐然含有这种观点了，但它只是到了普罗提诺的手里才明显起来的。
灵魂从高高在上的理智世界，又是怎样进入身体之内的呢？答案是：通过嗜欲。嗜欲有时尽管是不高尚的，却可以是比较高尚的。灵魂就其最好的方面而言，“具有一种要按照它在‘理智－原则’（nous）中所窥见到的那种模型而整理出秩序来的愿望”。那就是说，灵魂能观照本质的内界领域，并且希望尽可能与之相似地产生出来某种可以从外部来看而不是从内部来看的东西，——就象是（我们可以说）一个作曲家起初是想象着他的音乐，然后就希望听到一支管弦乐队把它演奏出来那样。
但是灵魂的这种创造愿望，却有着不幸的结果。只要灵魂还生活在纯粹的本质世界之中，它就不曾与生活在这同一个世界之中的其他灵魂分离开来；但是只要它一旦与一个身体结合在一起，它就有了要管理较自己为低的事物的任务，而且由于有了这一任务它便与其他的灵魂分离开来，其他的灵魂也各有其他的身体。除了少数人在少数的时刻而外，灵魂总是束缚于身体的。“身体蒙蔽了真理，但在‘那里’①则一切都是明白的而又分别着的”（同上书，第四卷，第九篇，第5章）。
①普罗提诺习惯上就象一个基督徒那样地使用着“那里”一词，——例如，他用之于：
不知道有终结的生命，
没有眼泪的生命就在“那里”。
这种学说，就象柏拉图的学说一样，要想避免掉创世就是错误的那种观点是有困难的。灵魂在其最好的时候是满足于nous，满足于本体世界的；假如它永远是处于最好的时候，它就不会去创造而只是静观罢了。创世的行为所根据的借口似乎是，被创造的世界大体上就是逻辑上可能的最好世界；但它是永恒世界的一个摹本，并且作为一个摹本它具有着一个摹本所可能的美。论诺斯替派那一篇中（第二卷，第九篇，第8章）有着最明确的叙述：
若问灵魂为什么创造了宇宙，那就是在问为什么要有灵魂，创造主为什么要创造？这个问题也就蕴涵着永恒要有一个开端，而且把创世看成是一个变化多端的“生命”由此而转化为彼的一种行为。
凡是作这种想法的人——如果他们愿意得到改正的话，——都必须使之领会那“在上者”的性质，并且使之放弃他们那种轻易得来的对于庄严的权力的诽谤，因为对那儿一切人都应该怀着尊敬的迟疑。
甚至于在整个宇宙的运行里，也找不出来进行这种攻击的理由，因为整个宇宙的运行已经给“理智的本性”的伟大性提供了最明显的证据。
呈现为生命的这一宇宙“全体”并不是一种形体无常的组织，——象它里面的那些不分昼夜地由它那繁富的生命力里所生出来的种种较小的形式那样，——整个宇宙是一个有组织的、有作用的、复杂的、无所不包的、显示着深沉莫测的智慧的生命。那末，任何人又怎么能否认，它就是有理智的神明之明晰清楚而又形象美丽的影象呢？毫无疑问，它只是一个摹本而不是原本；但这就是它的本性；它不可能同时既是象征而又是真实。但若说它是一幅不确切的摹本，那就错了；凡是一幅以物理秩序为限的美丽画面所能包罗在内的东西，都已经是丝毫无遗了。
这样的一种复制品是必然要有的，——尽管不是出于有意的谋划，——因为“理智”绝不能是最后的东西而必须具有双重的行为，一重行为是在它自身之内的，一重行为是向外的；因而就必须还有某种东西是在神明以后的；因为唯有那种一切威力都随之而告结束的东西，才能不再把它自身的东西传递下去。
这或许是普罗提诺的原则对于诺斯替派所可能做出的最好的答复了。这个问题又以略为不同的语言而被基督教的神学家们继承了下来；他们也发见了既要说明创世，而又不容许有那种创造主在创世之前是有着某种缺欠的大不敬的结论，是很困难的事。事实上，他们的困难要比普罗提诺的困难更大；因为普罗提诺可以说“心灵”的性质使得创世成为不可避免的，而对于基督教徒来说，则世界却是上帝的自由意志之无拘无束的作用的结果。
普罗提诺对于某种抽象的美，有着一种异常鲜明的感受。在描写理智的地位居于太一与灵魂的中间时，他突然迸发出来一段雄辩无比的话：
至高无上者在其进程中是绝不能乘任何没有灵魂的车而前进的，甚至于也绝不能直接乘灵魂；它是以某种不可名状的美为其先导的：在伟大的王的行程前面最先走出来的是较小的行列，随后出来的就一行比一行伟大，一行比一行高贵，越接近于王也就越富于王者气象；再后便是他自己的尊荣的近侍，最后在这一切荣耀之中便蓦然出现了至高无上的君主本人，于是一切的人——除了那些只看到在他来临以前的景象，便心满意足地走开了的人们而外——便都匍匐下来向他欢呼。（同上书，第五卷，第五篇，第3章）
还有《论理智美》的那一篇，也表现了同样的一种感情（第五卷，第8篇）：
一切神确乎是庄严美丽的，美丽得不是我们的言词所能表达的。是什么使得他们如此呢？是理智；尤其是在他们（神圣的太阳与星辰）内部运行着的、而又可以看得见的理智。……
‘安逸的生活’也就在‘那里’；真实性对于这些神明们既是母亲又是保姆，既是生存又是抚养；凡是不属于过程而属于确实存在的东西他们都看得见，他们本身就在一切之中；因为一切都是透明的，没有什么是黑暗的，没有什么是能阻碍的；每一个生存对于任何另一个生存都是通明透亮的，无论是在广度上还是在深度上；光明是通过光明而进行的。他们每一个的自身之中都包含着一切，并且同时又在另外的每一个之中都见到了一切，所以处处都有一切，一切是一切而每一个又是一切，这种光荣是无限的。他们每一个都是伟大的；微小的也是伟大的；太阳在“那里”是一切的星而每一座星又都是一切的星与太阳。每一种里面都以某种存在方式为主导，然而每一种又都彼此反照着一切。
除了世界因为是一个摹本所以就不可避免地具有缺欠而外，普罗提诺和基督徒一样地都以为还有更积极的恶是由罪所产生的。罪乃是自由意志的一种后果，普罗提诺是主张自由意志而反对决定论者的，尤其是反对占星学家。他并不想全然否认占星学的有效性，但是他企图给占星学限定一个范围，从而使其余的一切都可以适应于自由意志。他对于巫术也采取了同样的办法；他说圣贤是不受巫师的权力支配的。蒲尔斐利提到过，有一个与他作对的哲学家曾试图以邪恶的诅咒加之于普罗提诺，但是由于普罗提诺的圣洁与智慧，诅咒就返回到对方自己的身上去了。蒲尔斐利以及所有普罗提诺的门人，都比普罗提诺本人更迷信得多。普罗提诺身上的迷信，已经是那个时代所可能最微少的了。
现在就让我们试图总结普罗提诺所教导的——就有系统的并且合于理智的基督教神学而论，这大体上也就是为基督教的神学所接受的——学说的优点和缺点。
首先而且最主要的，便是普罗提诺信为是理想与希望的安全避难所的那种结构，而且其中还包涵有道德的与理智的努力。在公元三世纪以及野蛮人入侵以后的若干世纪中，西方文明差不多已沦于全部毁灭了。幸运的是，虽然神学几乎是当时所仅存的精神活动，但人们所接受的体系却并不纯粹是迷信的，而是保存下来了——尽管有时候是深深隐蔽着的——各种学说，那些学说里面包含有大量的希腊的理智的作品以及大量的为斯多葛派与新柏拉图主义者所共有的那种道德的热忱。这就使得经院哲学的兴起，以及后来随文艺复兴开始而重新研究柏拉图从而及于其他的古人著作时所得到的那种刺激，成为可能。
另一方面，普罗提诺的哲学所具有的缺点则是只鼓励人去观看内心而不去观看外界：当我们观看内心时，我们看到的便是神明的nous；而当我们观看外界时，我们看到的便是可感觉的世界的种种缺陷。这种主观性倾向是一个逐渐成长的过程；我们在普罗泰戈拉、苏格拉底和柏拉图的学说中以及在斯多葛派和伊壁鸠鲁派的学说中，都可以发见它。可是起初，它仅只是学说而不是气质；在很长的一个时期里，它并未能扼杀科学的好奇心。我们看到波昔东尼约在公元前100年左右，为了要研究潮汐，曾经怎样地走遍了西班牙和非洲的大西洋沿岸。然而主观主义却逐渐地侵凌了人们的感情以及他们的学说。人们不再研究科学了，唯有德行才被认为是重要的。柏拉图所思索的德行，，是包括了当时在精神成就方面所可能有的一切都在内的；但是在以后的若干世纪里，人们却日益把德行认为仅仅是包括有德的意志，而不是一种想要理解物理世界或改进人类制度的世界的愿望了。基督教在它的伦理学说方面也没有能避免这种缺点；尽管实践上对于传播基督教信仰的重要性的信心，曾赋予了道德活动以一种实践的对象，使道德活动已经不复限于是自我的完美化了。
普罗提诺既是一个终结又是一个开端，——就希腊人而言是一个终结，就基督教世界而言则是一个开端。对于被几百年的失望所困扰、被绝望所折磨的古代世界，普罗提诺的学说也许是可以接受的，然而却不是令人鼓舞的。但对于粗鄙的、有着过剩的精力而需要加以约束和指导但不是加以刺激的野蛮人的世界来说，则凡是普罗提诺教导中能够引人深入的东西都是有益的，因为这时候应该加以制止的坏东西已经不是萎靡而是粗暴了。把他的哲学中可以保存的东西流传下来的这项工作，是由罗马末期的基督教哲学家们来完成的。