形成了一个以东林书院诸人为核心的松散型政治集团，这当然会引起其他政治权利集团的注意和攻击，即《明史》所谓之“朝士慕其风者，多遥相应和。由是东林名大著，而忌者亦多”《明史》卷二百三十一，顾宪成传。。

    到了万历三十二年十月，东林书院正式落成，宣布以《白鹿洞学规》为章程，其中有“四要二惑九益九损”等条款，并定下每月大会之期，此时东林势力可以算正式大成。

    当时东林党人的主要对手，是万历身边的宦官们以及朝中的齐、楚、浙诸党，又由于到了天启时期这三党成员大多已依附于大宦官魏忠贤，所以有时这三党也会被直接划入广义的“阉党”体系。

    相对而言，东林党人初期的政治主张和政治目的，是要求政治清明，致力于维护社会安定、促进生产力发展，同时他们的成分构成也比较复杂，综合了在野、在朝的知识分子及部分地主、工商业者，因此得到了当时社会各阶层的广泛支持，但同时也遭到了和万历有近水楼台之便的内阁及宦官势力的猛烈狙击。

    到了天启中期，宦官魏忠贤终于一枝独秀地获取了天启帝的宠信，形成了继权宦刘瑾之后明朝势力最强大的一个“阉党”集团，齐、楚、浙诸党则因先前遭到了东林党人的沉重打击，也先后依附于魏忠贤。他们和东林党人的斗争，也逐渐从纯粹的朝议疏章之争转变为惨烈的生死之争，达到了双方斗争的最高峰。

    天启四年（1624年），东林党人杨涟因弹劾魏忠贤二十四大罪去职，于次年被捕，并与左光斗、周顺昌等人一起下狱被杀。魏忠贤为彻底消灭东林党，随即主使编写了《三朝要典》，并借“红丸”、“梃击”、“移宫”三案毁东林书院，东林党中坚分子顾大章、高攀龙、魏大中等人也先后被迫害致死。齐、楚、浙三党则趁机效仿，将东林党人名单在全国张榜，一榜之上有百人到五百多人不等，上榜者生者削籍，死者追夺，魏忠贤的各路党羽又先后做了《东林点将录》等名录，把著名的东林党人分别冠以《水浒传》一百零八将之绰号，以此为点名手册，试图彻底消灭东林党。

    这场以魏忠贤为首的阉党对东林党人的血腥迫害，直至崇祯帝登基消灭魏忠贤集团，为东林党人平反昭雪后才得以停止。

    然而，这并不意味着两党的斗争就此结束了，实际上崇祯二年的“袁崇焕冤案”，就是这一政治斗争的延续。东林党和三党及阉党之争，是明朝最厉害的党争，也是持续时间最长的党争。双方的争斗自万历年间开始，一直持续到南明灭亡还在继续，而且始终是晚明朝野政治格局和权利斗争的重中之重。双方斗争的主要武器之一，基本就是前面说的“红丸”、“梃击”、“移宫”三案，一般谁当权，谁就会以这三案来打击对方，到了崇祯朝则多了魏忠贤的“阉党逆案”这一武器，甚至到崇祯朝被灭，此类斗争也依然如故。