党谈判的诚意，全部释放政治犯，将来谈判时会更被动了。毛人凤虽然退到幕后，徐志道还得听他的。结果，徐在李宗仁面前说明利害关系，李宗仁只好改变了主意，他的第一号总统令也泡汤了。

    李宗仁得知这个主意是蒋介石的意思，十分愤怒。自己当个代总统，还是个傀儡，凡事全由蒋介石说了算。李宗仁对和谈不抱任何奢望，打又打不过人民解放军，眼睁睁看国民党军队兵败如山倒，开始考虑自己的退路了。

    1949年初，毛人凤跟随蒋介石制定“应变”措施，部署潜伏特务，同时在重庆、成都、昆明、南京、上海等城市大肆搜捕屠杀**员及进步人士、民主人士、青年学生。布置特务组织破坏各大城市工厂、水电、桥梁等设施。同年，南京、上海、武汉等地相继解放后，蒋介石企图以西南的川、康、滇、黔等省为根据地抗拒解放。人民解放军占领南京后，国民党统治宣告覆灭。当解放大军进军重庆时，蒋介石被迫由重庆撤退。根据蒋介石的直接命令，国民党特务从9月即开始分批屠杀狱中革命志士。

    卢汉此时在云南宣布接收国民党中央在昆明的机构，限令国民党特务离开云南，成为独立状态。蒋介石得到了这个消息，颇为震惊，他亲自从台湾经广州到达重庆，解决云南问题。蒋介石采取政治与军事兼用方式，一面增派第八、第八十九军分道压入云南边境，一面进行政治解决。那时，蒋介石认为卢汉的行动是受了龙云的影响，秘密指示毛人凤在香港暗杀龙云。毛人凤接到蒋介石的指示后，由台湾派保密局办公室副主任兼行动处处长叶翔之和六名特务，经广州前往香港去追杀龙云。

    见大陆败局已定，蒋介石为了积蓄反攻大陆的力量，命令毛人凤将他掌控的别动队、特工派往大西南各地潜伏起来，开展游击战争。

    其实，毛人凤手里可以调用的特工没有多少了，除了裁撤掉的人员，拨给徐志道“影子保密局”一批人，加上向各战区派遣的人员、逃散的人员、执行任务人员等，他也成了孤家寡人了。既然老蒋有这么个要求，他还得去办。找了一些人，装模作样安排他们潜伏起来。在大西南一带，充其量只安排几千名特工，他却向蒋介石谎称潜伏10万之众，哄得蒋介石很高兴，以为将来反攻大陆，这些武装用得着。

    毛人凤在此时弄虚作假，精明的蒋经国看出破绽。蒋经国是一个务实的人，虽然外表憨厚，内心则细致。

    蒋经国不动声色，他看出毛人凤所谓10万潜伏特工的“应变”措施，完全是一个大骗局，这也为两个人后来反目埋下伏笔。