风大浪，竟败在一个太监手里。张居正虽然高兴，但与高拱毕竟是昔日好友，不忍见他如此狼狈，遂将他扶起，出了宣武门。冯保犹恨意未消，又构王大臣狱，指使王大臣袖藏尖刀，意欲行刺皇上，想要嫁祸高拱，但终究没有成功。

    高拱被迫立即离开京城，按规定，没有国家的驿站马车相送，最后只雇了骡车上路，后面还有押行的兵卒一路驱赶。回家没几年，他连气带惊，就死了。

    张居正如愿以偿，登上辅佐神宗的内阁首辅宝座。一个比高拱更善于行使权力的铁腕人物又走上了前台。

    高拱不仅是一个有干略的政治家，在学术思想的研究上也有所成就。他不囿于先儒成说，以为“其不能得者亦不可强从”。直斥程朱理学“远人情以为天理”；他很赞同同时代思想家王廷相的观点，认为理在事物，无其事即无其理。他对“权”字更有一套独到的见解，把“权”与“经”比作秤上的“锤”和“衡”，称两者关系是对立的统一体。凡事皆有经，其事实行时应认真权一下，使权与经得以统一。在“义”和“利”的问题上，他认为“苟出乎义，则利皆义也；苟出乎利，则义皆利”，只要摆正义和利的关系，言利也不是不好，痛斥了“君子不言利”的迂腐观点。他还认为正因前人没有把握住这种关系，才造成“经制之略置之不讲”，善理财者不闻，祸国殃民。他自己十分重视理财，重视有关国计民生的政务，主张务实。他的学术思想正是他行使政务、取得政绩的思想根源。