争中奉命率国民党同志6人前往刺杀安徽军阀倪嗣冲，不幸于蚌埠被捕就义。抗战军兴，方昭舟目睹寇祸日深，乃不顾72岁的高龄，掀髯奋起，在家乡发动民众，组织队伍，誓与敌寇血战到底。第五战区司令长官李宗仁亲自委任其为凤定别动队司令，下率六个大队，每队四五百人不等，半数配以钢枪，半数配以红缨枪、黄缨枪和大刀。方部活动于凤（阳）、定（远）、怀（远）之间，六个月来无日不在前线与倭寇奋战，前后数十次承担防守、阻击、游击的作战任务，在战斗中，他们远则用钢枪射击，近则用红缨枪、大刀冲锋，给敌以重大打击，使之闻风丧胆，占领定远后数月不敢西犯。其中以1938年2月14日定远能仁寺之战最为激烈。当日，敌人以坦克飞机掩护西犯，方昭舟率部利用地形顽强抵抗，入夜又对敌实行夜袭，使敌西犯未能得逞。是役杀敌数百人，缴获军用品甚多，而游击队仅伤亡2人。方部进行的其他重要战斗还有：在华亭杀敌20余人，打死敌马8匹，缴获步枪11支；在怀远横山口，雷罗郑庄上，杀敌百余名，缴获步枪13支，马1匹，防毒面具6个；在考城杀敌50余名，缴获步枪5支；在上窑附近军吴家，杀敌6人，缴获轻机关枪2挺，自行车5辆。5月间，方部奉命协助我军克复洋亭等地，并将凤阳曹家店敌寇肃清，后又奉命配合我军收复考城、刘府等地。方昭舟部游击队因作战勇敢，功勋卓著，而受到第五战区司令部的传令嘉奖。6月初，方部协助某营坚守炉桥，日军以飞机9架、大炮数门配合骑步兵作战，并投放燃烧弹和毒气弹，将炉桥全镇烧毁，该营官兵全数牺牲，方部亦伤亡惨重。