奔赴苏联，在伏龙芝军事学院学习一年，获得军事参谋文凭。1965至1966年，他先后担任埃及空军轰炸机中队长、轰炸机旅旅长、空军基地司令等职，并被授予少将军衔。

    1967年6月，以色列采取突袭手段重创埃及空军，从而引发了第三次中东战争。在被动和不利的情况下，穆巴拉克奉命参加战斗。他亲自率领轰炸机旅对以军作战，沉重打击了西奈山口的以军，并有效地保护了一批埃及飞机免遭袭击。由于在战斗中表现突出，他被提升为空军学院院长，负责培训新一代的飞行员。

    1969年6月，穆巴拉克荣任埃及空军参谋长。1972年4月，慧眼识英才的总统萨达特任命穆巴拉克为空军司令，同年5月兼任国防部副部长。次年1月，他被阿拉伯国家联盟防御理事会任命为埃及、叙利亚和约旦三条战线空军司令，成为阿拉伯世界有史以来最年轻的空军司令。

    1973年10月，第四次中东战争亦即埃及人引为自豪的“十月战争”爆发。这场由萨达特总统亲自发动的战争打破了以色列不可战胜的神话，显示了埃及军队的超强战斗力，洗刷了1967年战败的耻辱。穆巴拉克作为一名高级空军指挥官，在战争中发挥了关键的作用，为国家和军队立下了汗马功劳。

    在“十月战争”中，穆巴拉克是埃及武装部队最高指挥委员会的成员之一，参与了作战计划的制定和指挥，充分显示了他出色的军事才能。战前，他制定了周密的作战计划，决定以优势兵力主动出击。他深知以色列拥有世界一流的军事装备和情报系统，想瞒过以色列的情报网并不是一件容易的事。为此，他制造了一系列的假象，迷惑敌人，以扰乱以色列空军的视听。