科学系陈龙生先生认为，因此处山岩处在“下泥盆纪”地质层上，它的形成已有四五亿年，在岩石最初的形成阶段和此后的挤压中，由于原始成分的差异和形状的不同，在地质运动中逐渐产生了石蛋；又有的地质学家分析认为，这一现象可能是沉积礁石透镜状的岩石，由于与周围岩石不同，经过亿年的沧桑风雨，它们相继脱离原岩石而产生；还有的地质学家与生物学家通过对石蛋外表纹路的分析认为，可能是由于岩石中含矿物质的差异在地壳中受地热形成一种结晶体，在地热运动中逐渐脱离原岩石；贵州的地质学家认为，当地在久远的年代是汪洋大海，有些物质在压力的作用下被挤压成球状，当沧海变桑田后，由于球体的密度与其周围物质的密度不同，周围的岩石风化较快，球体失去依托，于是脱壳而出，形成了“石蛋”。他们的分析均有道理，但至今没有一个成为科学的最后论断。

    2005年，贵州省地质矿产勘查开发局的总工程师王尚彦博士，解开了这个谜题。王尚彦采集了产蛋崖上的岩石样本及周边类似的岩石样本，并广泛勘查了三都县附近的岩层。通过分析测定，他发现产蛋崖的石壁是由一种泥岩构成，而石蛋则是一种极为常见的灰岩成分。经过对岩石特性的充分测定和反复实验，王尚彦告诉人们，在距今5亿年前，当时贵州三都地区是一片深海海底。一些游离在深海软泥中的碳酸钙分子在特定的物理化学作用下逐渐凝聚成坚硬的结核。同时，上层沉积物的不断压实，使软泥和结核都变成了深埋海底的岩石，软泥成了泥岩，而结核成了石蛋。再经过亿万年的地质运动，它们最后露出地面。当石蛋形成并露出地面后。在漫长的时光中逐渐风化，但由泥岩构成的崖壁的风化速度要比由结核形成的石蛋的风化速度快30年，因此每隔30年，当外部的泥岩层层风化、完全剥落后，石蛋就慢慢露了出来，并在重力的作用下自动落下山崖——这就是产蛋崖千年石生蛋的秘密所在。