心不愿再做傀儡。于是，哈特舍普苏赶在三世正式亲政之前，将他流放到偏远地方。至此，哈特舍普苏成为法老已万事俱备，只欠如何打破女性无法当朝的传统了。于是，她联合僧侣编造身世，称自己是太阳神阿蒙之女：太阳神为了让自己的后代统治埃及，化身图特摩斯一世与王后产下一女，如今，这位女子已历经磨难，可以成为统治埃及的法老了。她还在神庙的石碑顶部放置许多金盘，反射太阳光芒，以向世人证明她与太阳神的亲密关系。接着，她开始女扮男装，下令所有人用男性代名词称呼她。经过精心谋划，哈特舍普苏终于如愿地登上了法老的宝座。当上法老后，她精心治国，使古埃及继续保持兴盛。为了奖赏神庙中的僧侣，她复修了许多古建筑、庙宇，并赠送给神庙四座高达30余米的石雕方尖碑，为太阳神吟诗作赋。

    尽管她励精图治想要掌控繁荣的埃及王朝，但变故还是发生了。在她统治的第22年，图特摩斯三世突然重返王位，而哈特舍普苏从此便不知去向，同时失踪的还有她的情人和女儿。绝大多数有关她的记录都在当时被刻意销毁了，至今，埃及史学家都无法解释哈特舍普苏如何失去了权力，也说不清她的死因。

    现代考古学家在尼罗河西岸发现的皇家木乃伊中，没有一具属于哈特舍普苏。她的木乃伊是否被人转移到别处？是否保存完好？哈特舍普苏的尸体去向成了一桩历史悬案。

    流传最广的一种说法是：哈特舍普苏刚刚驾崩，图特摩斯三世的军队就袭击了宫殿，毁掉了所有与她有关的东西。她的墓穴也被洗劫一空，很可能她的尸体也在那时被转移到了别处，因为图特摩斯三世没有给她入住金字塔的“荣耀”。