情报人员，从古巴难民口中获悉了古巴港口比往常显得繁忙的情报，进行了观察研究。三个星期后，中央情报局给肯尼迪总统送去了一份紧急报告。这份报告说，苏联大概在古巴已建立了地对空萨姆导弹发射阵地网。

    8月29日，美国派能躲避雷达的Ｕ-2高空侦察飞机在古巴上空作侦察飞行，发现了苏联在古巴建立了萨姆地对空导弹发射场，同时还发现在古巴圣克里斯托克瓦尔附近的一块空地上，有正在构筑地对地导弹基地的迹象。9月4日，肯尼迪总统发表声明说，美国不会容忍对其进攻性武器的引入。肯尼迪无视古巴的领空主权，命令增加Ｕ-2飞机在古巴的上空飞行数次。

    9月8日和15日，分别有两条苏联大货轮“奥姆斯克号”和“波尔塔瓦号”到达哈瓦那。货轮原是专运木材的船，舱口大，浮水高，顶层甲板上放着货车，下面是一批中程弹道导弹。

    10月14日是星期天。在这个万里无云的星期日凌晨，两架美国Ｕ-2飞机从南向北飞过了古巴西部上空。其中一架由小鲁道夫·安德森少校驾驶，他们拍摄了大量照片。执行任务归来后，底片迅速送到洗印室，再送到判读中心，由专家们仔细地研究放大照片上的每一个画面。

    10月15日，星期一傍晚，在判读模夯清和错综复杂的记号时，他们认出了一座发射台、许多发射弹道导弹的建筑物，甚至在圣克里斯托瓦尔地区还发现了一枚中程弹道导弹。根据其他的挖掘工程来看，似乎还在修建射程为2000英里的中远程弹道导弹使用的坚固的永久基地。而且，美国鉴定专家确信，发射装置上安装的是导弹核武器。

    10月16日，肯尼迪总统才得到上述情况的汇报。他对赫鲁晓夫欺骗他的行为非常恼怒，并立刻意识到这件事关系重大。他没有料到苏联人在古巴这样一个地方会采取如此轻率和冒险的行动，没有料到转眼之间古巴戏剧性地拥有了在西半球仅次于美国的最大的、装备最好的军事力量。肯尼迪感到，苏联导弹造成了一种严重的威胁，要是不猛烈回击，那就会有损美国政府在国内外的形象，激起公众对他的不信任，并使美国如芒在背。肯尼迪决定，要使苏联明白美国不惜一战的决心。

    美国政府迅速行动起来，国务院的官员开始对美洲国家组织开展拉拢工作，艾奇逊被委以重任，派到欧洲去向戴高乐和北约组织通报美国即将采取的行动。美国新闻署给了各家私营电台一项重要的专题转播任务，把肯尼迪将要发表的演说，用西班牙语对古巴和拉丁美洲播放。

    美国在军事上加紧为封锁作准备。海军在加勒比海部署了180艘舰艇；B-52轰炸机部队奉命满载核武器在空中作昼夜飞行；第一装甲师深夜从得克萨斯州出发，开往佐治亚州的港口，准备上船；另外还有5个师处于戒备状态。

    10月20日是星期六。这天一大早，肯尼迪决定缩短他的竞选旅行，提前返回白宫，为下一步行动作准备。但给新闻界透露的消息是，总统缩短旅行是由于患感冒。

    10月21日下午，肯尼迪请海军参谋长小安德森详谈封锁的计划和程序。安德森说，首先向每条驶来的船只发出停止前进的信号，以便上船检查；然后，如果没有得到满意的反应，就朝船头正前方开炮以示警告；最后，如果仍然得不到满意的答复，就射击船板，使其不能行驶，但并不将它击沉。

    “你肯定能办到吗？”总统苦笑着问道。

    “能办到，总统！”海军上将回答。

    10月22日下午6点，美国国务卿腊斯克会晤了苏联驻美国大使多勃雷模大使从屋子里走出来时，铁青着脸，显得惊慌失措。

    同一天晚上7点，肯尼迪在白宫他的书房里，向美国和全世界发表广播讲话，通告了苏联在古巴部署核导弹的事实。肯尼迪认为这一“秘密、迅速和异乎寻常的导弹设施”是“蓄意的挑衅和对现状作出的毫无道理的改变，是美国不能接受的”。