属的海军部队有：美本土舰队司令部、大西洋舰队司令部、太平洋舰队司令部、中央海军司令部、驻欧洲海军司令部、南方海军司令部、海军特种作战司令部。此外还有负责为大西洋舰队和太平洋舰队提供后方支援、新武器试验、卫星服务等事务的军事海运司令部、海军作战试验与鉴定部队司令部、海军航天司令部、海军后备队司令部等海军作战部直属部门。

    舰队是美国海军的力量实体，人们习惯把大西洋舰队和太平洋舰队称作美国海军的“两洋舰队”。美国海军的舰艇按行政指挥序列和作战指挥序列两种方式进行编组，前者将舰艇按级别和类型划分大队。比如将大西洋金斯湾海军基地的10艘俄亥俄级核动力弹道导弹潜艇编成大西洋舰队第10潜艇大队。这样的编组方式非常便于对舰艇的日常管理。而后者则在编组时跨越了舰艇类型区别，按级别从低到高将它们混编到一起，常见的分组有舰队、特混部队、特混大队、特混小队等，其中特混舰队是最高级别的战斗单位。这样的分组方式有利于战时的指挥调度。如以“小鹰”号航空母舰为首的驻日本的70特混舰队。

    海军作战部对美国海军的指挥中心主要是海上指挥中心和陆上指挥中心（又称战时指挥所）两个部分。前者直接设立在专门的舰只上，后者则通过专门的指挥通讯网对舰队和潜艇进行指挥。美国海军有着世界上最完善复杂的通讯网。美国海军通讯网中分为潜艇部队通讯网、舰队通讯网、岸对舰的通讯网，这些网络以有线通讯、无线通讯、卫星通讯等多种通讯方式及时地将指挥中心的命令传递给世界各地的舰队，实现了全球化联通。为了辅助海军作战指挥中心对全球范围活动的美国舰艇的指挥，除了这些通讯网，美国海军还特地建立了诺夫科海军基地、珍珠港海军基地和驻扎在英国伦敦的海外指挥中心。此外，美国海军还运用先进的自动化控制系统对大量情报信息进行辨别、汇总、加工以提高通讯网的工作效率。

    美国的海军基地遍布世界各地，据粗略统计。驻扎在全世界的美国海军基地总共有234处，其中美国本土基地164处，海外基地70处。经过漫长时间的发展这些基地已形成一个庞大成熟的体系。人们习惯上将这些基地按它们各自担负的任务分成美国本土基地、海外前进基地和机动基地3大类。美国本土基地作为各种作战舰艇的母港，主要任务是为舰艇提供完备及时的后勤支援和多方位的技术保障，这些基地均设在美国本土的沿海港湾。海外前进基地则是美国为方便向世界各地的美海军驻军提供后勤支持的基地，多设立在美国盟国或其他一些租来的别国领土上，有固定港口。这类基地的相关设施都非常完善，不仅像美国本土基地一样可以及时地为舰艇提供多方位的技术支持，还十分人性化地为美国官兵提供各种休闲服务。正是因为有了如此众多的海外前进基地的支持，在面临地区突发事件时，美国海军才能迅速地作出反应。而机动基地则是美国海军全球基地网不可缺少的组成之一，虽然是于特定时间临时在别国港湾或岛礁上建立的，但它的配套设施却依然非常完备，包括：活动码头、油料补给站、仓储设施、修理所、医院……体现了美国海军的强大实力。

    美国海军对海外基地的选定非常严格，它们必须具备3个条件：战略位置重要、港口条件良好、所在国为亲美派。为此，美国在太平洋和印度洋海域分别以日本横须贺、新加坡樟宜及关岛、英国迪戈加西亚岛为中心，建立起东北亚基地群、东南亚基地群、西太平洋基地群、印度洋基地群等4大海外基地群。