无佛性不能生佛之人，与众生皆能成佛之说相互矛盾）说不能取信于中国人，故在临行前夕与诸大德讨论此事，想方便将此义略而不谈，受到戒贤大师严厉责备：“边方（指中国）人懂得什么，岂可随便为他们增减义理。”（见《瑜伽师地论》“道伦记”卷五十四）玄奘无法，只好墨守师说，依然传播讲不通的义理。玄奘归国时，由戒日王、鸠摩罗王、跋吒王亲自率轻骑数百送别，“王以素作书，红泥封印，使达官奉书送法师所经诸国，令发乘递送，终至汉境”。行至信度大河：

    将至中流，忽然风波乱起，摇动船舫，数将覆没，守经者惶惧堕水，众人共救得出，遂失五十来经本及华种等……

    过河后至乌铎汉荼城“停五十余日，为失经本，更遣人往乌长那国抄写迦叶臂耶部三藏”。

    贞观十九年（645年），玄奘终于远涉归国，由于此时他已誉满中外，这位昔年通缉犯受到唐太宗极为隆重的礼遇。太宗当时在洛阳，先遣左仆射房玄龄迎于东都，不久太宗在洛阳宫中召见玄奘。太宗见玄奘“堪公辅之寄，因劝罢道，助秉俗务”，即还俗为朝臣，玄奘“固辞乃止”（《大慈恩寺三藏法师传》）。召见后，安排玄奘至长安弘福寺住，后住大慈恩寺。玄奘带回佛经六百五十七部，在太宗资助下设“译场”，他与门人窥基、辩机、神昉、普光等人，用了十九年时间翻译重要经论七十五部，合计有一千三百三十五卷，相当于自汉代开始至隋全部译经数之合，实为一代佛学大宗师。玄奘、辩机所著《大唐西域记》十二卷，记载了我国西北地区以及印度、尼泊尔、巴基斯坦、孟加拉国、中亚等地古代历史地理情况，为世界学者所重视。“玄奘门人另有日本人道昭、智通。道昭初传慈恩宗到日本，成立了法相宗，以地方分，这一系为南寺传，其后在智周（玄奘门人慧沼的弟子）门下还有日本人玄昉、智风。玄昉再传法相宗入日本，成为北寺传。法相宗在日本流传不断，至今还有传承。”（吕澂《中国佛学源流略讲》）