董卓西归以前，他已自为太师，官位居诸王之上。他到长安，公卿迎拜，卓不还礼。卓所乘车装饰极为华丽，同于天子御驾。卓如此骄奢僣拟，适足说明他没有安定天下的大志。关东诸将的互讧，也助长了他的嚣张气焰。卓以弟旻为左将军，封鄠侯，兄子璜为侍中、中军校尉，分别统率军队，卓之宗族亲戚，盘居要津，卓侍妾怀抱中子亦封侯，未及笄的孙女，则封邑君。卓府第在长安城东坚固营垒中，尚书以下官员处理政务都要到卓府请示。卓在郿县修建了与长安城等高的坞，号称“万岁坞”，多积粮谷于内，够三十年食，卓自言“事成，雄据天下；不成，守此足以毕老”。
董卓残忍嗜杀的习性，至此也充分暴露出来，大臣讲话稍不合意，即遭诛戮。被俘虏的关东士兵和被捕获的关西人民更遭到惨不忍睹的折磨与屠戮。因之众叛亲离，人心惶惶。当时朝中大臣受卓倚重的是王允，他是并州祁县人，“少好大节”，素有名誉。卓入京时，允为河南尹，卓以允为守尚书令，初平元年（190年），进允为司徒，仍领尚书事。献帝西迁后，卓留镇洛阳期间，朝政全由王允主持。允对卓佯为尊重，得其信任，献帝及大臣也靠王允佑护，得以粗安。
初平三年（192年），王允与司隶校尉黄琬、尚书仆射士孙瑞等密谋诛卓。卓亲信部将吕布，并州五原郡九原县人，初为并州刺史丁原手下亲信将领。灵帝死，何进召董卓、丁原进京，卓到京，欲专兵柄，诱布杀丁原而并其众。布善骑射，膂力过人，号称飞将，卓对布颇宠信，两人誓为父子。卓自知怨己者众，常令布卫护左右。卓性暴急寡虑，忿不思难，吕布因一细事惹卓恼怒，卓立即以手戟掷布，布眼明身捷，躲闪过去，向卓请罪，卓怒始息。自此，布稍衔恨。后布与卓侍婢私通，恐被发觉，心不自安。布与王允同为并州人，允早已着意笼络布。及布将卓掷戟事吐露给允，允知离间卓、布的时机已至，当即劝布除卓，为朝廷建立奇功。布以与卓有父子关系为虑，允曰：“君自姓吕，本非骨肉，今忧死不暇，何谓父子？掷戟之时，岂有父子情邪？”布遂许诺。
初平三年（192年）夏四月丁巳，献帝有疾初愈，群臣朝贺未央殿，董卓乘车入朝，途中步骑夹道，戒备森严。吕布使同郡骑都尉李肃率亲信勇士十余人，伪著卫士服，待卓于北掖门内。卓入门，李肃即挺戟刺卓，卓内披甲，未得刺入，伤臂，坠车，卓大呼：“吕布何在？”布曰：“有诏讨贼臣！”卓大骂：“庸狗，敢如是邪！”布以矛刺卓，令兵斩卓首。布从怀中取出诏书以今吏士曰：“诏讨卓耳，余皆不问”。于是吏士皆称万岁。百姓歌舞载道，长安士女市酒肉以相庆贺，填塞街市。王允使皇甫嵩往郿坞攻卓弟旻，杀卓母妻宗族。“坞中有金二三万斤，银**万斤，锦绮、奇玩堆积如山”。
但是，当此政局发生重大变化的关键时刻，身系朝廷安危的王允，却缺乏应变能力。他原先惧怕董卓，故屈身降志，委曲承奉，杀卓之后，以为再无患难，就居功骄傲，同朝臣接触，常乏和悦颜色，因之群僚对之不甚亲附。王允对吕布也瞧不起，只以剑客待之。吕布自恃功大，嫌允轻己，于是两人不和。王允的杀蔡邕，即措施失当的事例之一。蔡邕闻卓被杀，只在王允坐前“有叹惜之音”，王允即视之为卓党，而收付廷尉狱，蔡邕承认罪过，“愿黥首刖足，继成汉史”。士大夫及太尉马日多矜救之，允均不从。终使邕死于狱中。邕虽受卓亲用，却也谈不上卓党，卓所重用的还是王允自己。蔡邕的被杀，颇使卓部属将吏恐惧。王允之更大错误是低估了卓所属涼州将士的实力，没有及时颁下赦诏和做出适当安置。当时“悉诛涼州人”的传言已经广泛流传。诸将校以为“蔡伯喈但以董公亲厚尚从坐，今既不赦我曹，而使解兵，今日解兵，明日当复为鱼肉矣”。于是他们拥兵自守。原先卓女婿牛辅领重兵屯驻陕县（今河南三门峡市），曾遣校尉李傕、郭汜、张济等率步骑数万往中牟击朱。当吕布遣李肃持诏书来诛牛辅时，李傕等尚未归还，牛辅只以见兵就打败了李肃，说明涼州诸将兵力甚强。牛辅虽然打了胜仗，但仍极胆怯，因营中偶然发生惊扰，便恐惧出奔，致在途中为部下所杀。这又说明辅等涼州将帅实无作为。假如王允措置得当，尚可免除或减轻祸殃。牛辅死后，李傕等始回陕县。他们甚怀恐惧，不知所措，乃派人到长安请求大赦。王允此时仍不应允。傕等益恐，想各自解散，回归乡里。这时讨虏校尉贾诩向傕等献计曰：“诸君若弃军单行，则一亭长能束君矣，不如相率而西，以攻长安，为董公报仇。事济，奉国家以正天下；若其不合，走未晚也”。贾诩，涼州武威人，在军中素以多谋著称，他的倡议，立即得到傕等同意。他们乃相与结盟，率军数千，晨夜西行，边走边收兵，临近长安时，已有兵十余万，并与卓故部曲将樊稠、李蒙等合围长安城。长安城墙高厚，本来不易攻下，可是吕布军中的叟兵（蜀地的少数民族军队）发生叛变，导引傕等入城，吕布战败，出奔关东。傕等纵兵大掠，吏民死者数万人。
早些时候，王允以同郡宋翼为左冯翊（官名，辖今陕西省中部西安市以东之地，故亦作地名用），王宏为右扶风（辖今陕西省中部西安市以西之地）。李傕等欲杀王允，恐二郡反抗，乃以朝命调二人回朝。王宏遣使谓宋翼曰：“郭汜、李傕以我二人在外，故未危王公。今日就征，明日俱族。计将安出