命修建宁远城。祖大寿根据朝廷以往的惯例，认为朝廷可能要放弃宁远，因此只修筑了一道低矮的城墙。袁崇焕到来以后，马上制定城墙的高、厚尺寸，责命祖大寿等几个将军分头监督，第二年便建成了一座军事重镇。

    以宁远为依托，孙承宗与袁崇焕派军队分别占据了锦州等五个地方，并建立军事据点，收复了二百多公里的土地。天启六年（1626）正月二十三日，努尔哈赤率后金军30万至宁远，自称必破此城，令袁崇焕投降。朝廷知道消息以后，都认为宁远肯定会失守。然而袁崇焕等将领誓死不降，死守城池，袁崇焕把兵马都撤入城中，在城外坚壁清野，并写下血书来激励将士。另外他还命令山海关守将，如果有人撤退入关，一律砍头。绝境之中的宁远守军发挥了极大的潜力，依靠西洋火炮大量杀敌，努尔哈赤被炮火击中，不治而亡。宁远大捷的消息传到朝廷之后，满朝文武几乎都不敢相信。

    皇太极在军事上难以攻破宁远，便进行反间计。他捕捉两名明宫太监，然后故意让两人以为听见满清将军之间的耳语，谓袁崇焕与满人有密约，皇太极再放其中一名太监回京。崇祯皇帝中计，以为袁崇焕谋反，于是趁召见袁崇焕的时机把他抓了起来。如果袁崇焕政治嗅觉高一点，皇太极的反间计就难以得逞；如果崇祯皇帝多一点脑子，皇太极的反间计也难以得逞。可惜，历史不能假设。被囚禁了半年后的袁崇焕被处以碟刑（分裂肢体），弃尸于市。不明真相的京城百姓也对袁崇焕恨之骨，争相割下他的肉来吃。史学界向来认为袁崇焕之死为千古奇冤，堪比岳飞。

    袁崇焕被杀以后，他手下的将领纷纷有了他念，明朝再也没有能够抵抗清军的将领了。