选日那天，意外发生了。佛罗里达州的计票结果出现错误，到第二天黎明，仍未出结果。最终最高法院介入，小布什笑到了最后，他击败了民主党候选人戈尔成为美国第43任总统，他将追随父亲的足迹问鼎白宫。

    2001年1月20日，55岁的小布什正式入主白宫。但7个多月后，他就遇到了史无前例的挑战，那就是众人皆知的“9·11”事件。这场“21世纪的战争”把小布什推到了一个强势的“危机总统”的位置上。小布什以坚毅的决心安抚了全国民众，并赢得了前所未有的民意支持率。当时，小布什的民意支持率高达86%，比他的父亲在海湾战争时的民意支持率高，也超过珍珠港事件爆发后的当时美国总统罗斯福。“9·11”成为小布什总统生涯的转折点，他那坚决的反恐举措为他在施政中赢得了筹码。

    小布什政府非常注重经济，并因此得到了回报。在减税和低利率的经济刺激政策下，美国经济已于2001年11月脱离衰退期，步入复苏进程。美国GDP的数字虽然并非一帆风顺，却一直在缓慢地上扬；在处理外交问题上，小布什的观点与他的前辈有着显著的不同。“9·11”恐怖袭击事件后，他提出“先发制人”的外交政策。如果有必要，不惜单边行动，对可能威胁国家安全的可疑目标实施打击。小布什说，“不管是我们把敌人带到了公正的边缘，还是把公正带给了敌人，总而言之，我们已经实现了公正。”

    2003年5月16日，小布什正式向美国联邦选举委员会提出竞选连任。2004年9月1日，美国共和党在纽约召开的全国代表大会上正式确认小布什为该党总统候选人。他此番面对来自马萨诸塞州的耶鲁校友约翰·克里。竞争一如4年前一般激烈，但布什最终凭借在反恐和国土安全等问题上的优势赢得了大部分选民的支持，赢得了选举。