祖父尚武的政风，确定新年号为“建文”，与祖父“洪武”刚好形成鲜明的对照。

    当时，齐泰、黄子澄、方孝孺等饱读诗书的才子都受到重用。建文帝的治国措施与方孝孺的仁政主张相投合，方孝孺更是受到建文帝的青睐，先任翰林侍讲，后迁文学博士，日侍建文帝左右。据《明通鉴》记载，建文帝读书每有疑问，便立即召方孝孺为他讲解；临朝奏事时，遇到需商议的地方，也命方孝孺前来批答；宫中纂修《太祖实录》及《类要》等史书，也由方孝孺担任总裁。当时朝廷的诏书、往来的檄文大都出自他的手，建文帝对方孝孺，可谓言听计从，非常倚重，君臣关系十分契合。方孝孺对这种“知遇”之恩十分欣喜，“风软彤庭尚薄寒，御炉香绕玉阑干。黄门忽报文渊阁，天子看书召讲官”，在建文帝身上，寄托着方孝孺的政治理想——提倡仁政，反对暴政。

    在方孝孺的辅佐下，建文帝大力着手改革，史称“建文新政”。他们崇尚礼教，锐意文治；废除严刑峻法，大赦疑狱。同时又采取重农桑，兴学校，赈济灾民，蠲荒田租等与民休养生息的措施，使国家呈现一派祥和的景象。时人赞叹，建文时，法网疏阔，道不拾遗，士风朴茂，尚义者多。

    然而，建文帝在安定的生活中成长，接受的是儒家学说的熏陶，缺少对现实的了解，而且他所重用的大臣也多是读书人，因此改革中难免有理想主义色彩。他接受方孝孺的建议，在诏行宽政的同时，锐意复古，甚至要恢复西周时期的井田制度。他还使用一些《周礼》中的官名，依古制改革某些官职。复古这些制度是没有任何现实意义的。从这一点我们不难发现，建文集团过重的文人气息，成为他最后失国的一个主要原因。

    这种对实现政治理想的渴望与对知遇之恩的感戴，使方孝孺无论从情感还是理念上都把建文帝视为千古一遇的圣主，并将自己的命运与之紧紧地联系在一起。就此一点而言，在后来的靖难之役中，他是决不可能降于成祖朱棣的。