调任广东巡抚，去接手广州城内外的这个烫手山芋。杨文乾对于查办仓库亏空之类的事情，想来是拿手好戏，未几就有了结果。皇上又把杨文乾大大地表扬了一番，说他是“秉公无瞻顾”云云。前后对照起来，这等于是把上回骂他的时候，丢的面子给找回来了。

    皇上和杨文乾演双簧，或者是对他特别信任，让广州城内外的官民，好生失望。但是皇上也知道，杨文乾和其他官员的关系，已经恶劣到了极点。前任广东总督孔毓珣，后任两广总督阿克敦，都和杨文乾格格不入，双方递上了大量奏折，互相攻讦。广州城里凡是有资格给皇上写奏折的，都将参奏杨文乾的奏折，雪花似的寄往朝廷。事隔两年之后，余波未尽。

    雍正六年，杨文乾应召到北京，据说是向皇上和满朝文武解释他在广州的政策。为了有效地为自己辩护，杨文乾带了六家“行头”之一，如升行的行商，大概是有过功名的大官Quiqua，同上北京。想来杨文乾在朝堂之上是滔滔不绝，把自己的改革措施等等，说得滴水不漏，何况带来了有力的人证。这样一来，皇上自然是龙心大悦也。

    皇上的龙心大悦，很是表现在实处：上谕常赉仍回福建当他的福建巡抚，重新让杨文乾回广州当巡抚兼粤海关监督。这下可是给足了杨文乾的面子。杨文乾凯旋而归，更加是腰板挺拔，无所不管：他一边巩固他的改革成果，一边继续和同僚争斗不休。同年，杨文乾参奏两广总督阿克敦勒索暹罗商船规礼，广东布政使官达纵幕客纳贿等等，结果这两个人到反而被他扳倒。两个人都丢了官不说，雍正皇帝还指示前广东总督孔毓珣，会同杨文乾进行彻底调查。

    然而，孔毓珣还没有到广州，杨文乾却突然暴病身亡，死在了任上，也算是为大清王朝鞠躬尽瘁，死而后已。事隔三百年，到底是怎么死的，也不得其详，想来也不至于是被海关的胥役毒杀的。这且不说，皇上失去了一位能员干将，多少也有点悲切之情，上谕赐祭葬，也就是皇上派官员前来致祭，读一篇翰林院学士做的呜呼哀哉，伏维尚飨的文章，表示哀悼。有清一代，这也算是当官的死后殊荣之一。