咸丰十一年（1861年）十一月，咸丰帝于承德避暑山庄病逝，年三十一岁。咸丰帝独子载淳即位，改元同治。同治帝嫡母、皇后钮祜禄氏被尊为“母后皇太后”；同治帝生母、懿贵妃那拉氏被尊为“圣母皇太后”。当时，“母后皇太后”慈安住避暑山庄“烟波致爽”殿东暖阁，“圣母皇太后”慈禧住西暖阁，故又有“东边的太后”（东太后）和“西边的太后”（西太后）之称，是为两宫皇太后。
历史上通常说法是慈禧太后揽政四十八年（1861年—1908年）、三次垂帘。实际上，其中慈禧与慈安共事二十年（1861年—1881年）；两次垂帘听政均是慈禧与慈安亦即两宫皇太后共同行事的。
慈安太后钮祜禄氏，生于满洲官宦人家。她之所以得到咸丰格外垂青，不到半年即两次越级正位中宫，不仅由于她与咸丰少年便结为夫妇，伉俪情深，更重要的是她美德出众，符合传统道德标准。如果说慈禧以“才”超人，那么慈安则是以“德”服众。据载，慈安为皇后时崇尚俭朴，常服布衣，所穿之鞋系督率宫女所做，且每年必亲手做一双鞋送给咸丰帝穿。外朝进贡的冠服、首饰，多命宫女拿出退还，说：“臣子多一分贡献，便是百姓多一分钱财，倘若收了他们的贡献，便是暗地里教他们去做贪官，所以臣子的贡献万万收不得。”皇后雍容有度，举止端庄，每次见皇上总身着礼服。咸丰对她十分感佩敬重，称她为“女圣人”。第二次鸦片战争爆发后，咸丰回天乏术，厌闻朝政，偶以游宴自娱，然闻皇后婉言规谏，未尝不从；外省军报及廷臣奏疏有寝阁者，闻皇后一言，未尝不立即批阅；妃嫔偶遭谴责，皆以皇后调停，不久又蒙恩眷。一日，咸丰因深夜寻欢晏朝。皇后听说后，立刻传唤侍寝妃嫔厉声斥责，命太监预备杖挞。咸丰退朝后，见后宫气氛不同往常，内竖肃悚，鸦雀无声，一问才知一向慈悲为怀、从不动肝火的“女圣人”正在训斥昨夜承欢的妃子。咸丰入内，问皇后此妃何罪，皇后跪拜谢罪，责己无德，不能督率后宫，使主晏起，称“恐外臣有议奴者，故召此妃戒饬之，无使奴受恶名也”。咸丰心有所愧，自认贪杯，表示今后少饮，皇后方起，环侍者莫不感佩。
咸丰死后，两宫并尊。慈安比慈禧还要小两岁，在人们的印象中，慈安生性懦弱，老实忠厚，且拙于言辞，听任慈禧摆布。有一个流传甚广的传言，说慈禧得子后，恃宠而骄、渐至放纵，咸丰不喜其为人，每与肃顺言，欲废之，但终未忍心。因于病重之际密书一纸遗诏，交付慈安说：彼果安分无过，当始终曲全恩礼；若其骄纵不法，失行彰著，汝可召集廷臣，将朕此旨宣示，按祖宗家法治之，立即赐死，以杜后患。有说咸丰死后，慈安即将此诏书拿给慈禧看了。慈禧震恐，小心谨慎以事慈安，几乎无微不至。一连数年，慈安以为天下太平
光绪七年（1881年）三月，慈安病逝于钟粹宫，时年四十五岁。谥孝贞慈安显皇后。据说，慈安死后，丧仪“甚草草”，27日后一律除孝服。慈禧本人竟不持服，大臣近御者仍服常服。“国母之丧如此，诚亘古未有也。”
对于慈安太后的暴卒，后人颇多疑问。有说，当时慈禧正在大病之中，已数月，慈安独视朝，健康无恙。去世当日上午还曾召见军机，有恭亲王、大学士左宗棠、尚书王文韶、协办大学士李鸿藻等，慈安和怡无疾色，只两颊微赤。军机退。午后四时，内廷凶信出。百官皆以为是西太后慈禧，既而知为东太后，乃大惊诧。进宫见慈安已小殓，慈禧坐矮凳道，东后向无病，日来未见动静，何忽暴变至此！诸臣仰慰顿首，出议丧事。以往后妃去世，即传戚属入内瞻视后方才小殓，历朝如此，慈安死，其亲无预其事者，众皆叹为创闻。
有说，慈安死讯传来，首先表示怀疑的是御医薛福辰，他称慈安“微疾，请脉后，无需服药”，怎么会突然暴死？左宗棠、方擢也称：“早对时，上边清朗周密，何尝有病者？即云暴疾，亦何至若是之速耶？”
又有说，光绪两宫再垂帘，慈禧听政益纵恣无度。时慈安益倦怠，不多闻外事，常静摄不出。慈禧乃一人召见廷臣，有事竟不告慈安，慈安颇为不平。七年，慈禧忽患重病，征集中外名医医治，均无效，盖因误认为血崩所致。惟晚清启蒙思想家薛福成之兄御医薛福辰诊其脉，得知病之所在。他在脉案上仍书血崩症，但所开药剂则皆产后补养之品，结果奏效如神。慈禧病既愈，慈安知其病乃失德所致，想使她感悟，一夕置酒宫中，庆贺慈禧康复。酒至半酣，慈安摒去左右，忽慨然道：“吾姊妹今皆老矣，旦夕当归天上，仍侍先帝。吾二人相处二十余年，无话不谈。吾有一物，是当年先帝临终给付，现在无所用了。只怕一旦故去，失于检藏，被他人得到，致疑吾二人貌和好而阴妒忌，那不但是吾二人的遗憾，且大负先帝之意。”说完，从袖中掣出一函，交给慈禧。慈禧打开一看，正是咸丰临终给付慈安的遗诏，脸色顿变，惭不可仰。慈安将函索回，就着火烛烧了，一边说：“此纸已无用，焚了为好。吾今日亦可以复命先帝了。”慈禧惭愤交集，强为感泣态。慈安百般慰藉，罢酒而散。此夕后，慈禧对慈安执礼甚恭，不似往时骄纵。慈安暗自高兴，以为收到了效果。不料一日，慈禧命人给慈安送去几盒糕饼，慈安随意尝了一二枚，顿觉不适，然也没有太多痛苦，到下午，突然逝去。云云。
又有人添枝加叶，编造出许多毫无根据的离奇故事。如，咸丰死后，慈禧耐不住煎熬，想法弄了一个姓金的标致男子在密室里快活，不意被东太后撞见，从床后将那姓金的拉出来，命侍卫拖出