自此以后，满清军队对袁崇焕又敬又畏。
宁远大捷的消息传到京城，朝野上下喜出望外，一片欢呼。高第因没有援救宁远而被免职，由兵部尚书王之臣取代。袁崇焕升为四品右佥都御史。随即袁崇焕主动出击，又陆续收复了高第所放弃的土地。
努尔哈赤死后，他的儿子皇太极继位，建立了清朝。皇太极是中国历史上少有的一位具有雄才大略的皇帝，他采取正确的战略，暂时放弃宁远，转而攻打朝鲜。就当时明清而言，双方都需要一段休战时间，以便实行各自的休养计划。明方需要筑城、练兵，清方则要进攻朝鲜，掠夺财富，巩固统治。在这样的局势下，袁崇焕提出与皇太极和谈，皇太极表示赞同，但明熹宗皇帝和许多大臣坚决反对，满清从来都是附庸国，皇太极不够谈判的资格。
袁崇焕和皇太极商议和谈时，皇太极利用这个机会打败了朝鲜，袁崇焕也加紧修筑锦州中左、大小凌河等地的防御工事，并派出援朝军队，只因为朝鲜很快投降，明军也就退了回来，没有和清军发生冲突。
古宁远城
皇太极进攻朝鲜的战争取得了重大的胜利，财物得到了补充，局势也稳定下来，但他看到袁崇焕修城池，练兵马，势力越来越强大，如不加紧攻击，愈加难图，况且求和又不成，于是，皇太极决定“以战求和”。
明熹宗天启七年(公元1627年)，皇太极率大军攻打辽西的许多军事重镇，攻陷了大小凌河，随即又攻锦州。从五月十一日到六月四日，将领赵率教率领明军与皇太极展开激战。清军损失惨重，但还是没有将锦州攻下来。皇太极见攻锦州不成，就转攻宁远。袁崇焕严阵以待，成竹在胸，两军相接，激战两天，双方损失都很惨重，但皇太极还是没攻下宁远。皇太极再转攻锦州，但锦州城守坚固，清兵死伤枕藉，无法攻克。当时正值炎热季节，清军不少中暑得病，士气低落，皇太极不得不撤围回沈阳。
宁锦之役，明军取得了胜利，但作为主帅的袁崇焕并没因此而受重赏。只是升了一级官。其根本原因在于袁崇焕不是魏忠贤的同党，袁崇焕当年中进士的主考老师和推荐他做辽东防务的人都是东林党的首领，因而，虽有“宁远大捷”和“宁锦大捷”，袁崇焕还是讨不到魏忠贤的欢心。这时，魏忠贤见袁崇焕威势日增，便指使同党，攻击袁崇焕不去救锦州。袁崇焕只好辞职，回老家广东去了。这年八月，爱捉迷藏和做木工的熹宗皇帝驾崩，因无子嗣，由他的亲弟弟朱由检继位，改年号崇祯。崇祯帝当时才十七岁，他年纪虽小，却十分精明能干，与他哥哥大不相同，他不动声色地剪除了魏忠贤的“阉党”，然后逼得他自杀，巧妙而又干净地除掉了朝廷的一个毒瘤。魏忠贤死后，附和他的大臣或杀头或充军，被魏忠贤排挤的袁崇焕重新起用。
明思宗崇祯元年（公元1628年)七月，袁崇焕从老家应召来到北京，崇祯召见了他，问他辽东防务事宜，经过一番深谈，可以说对他言听计从。袁崇焕提出了诸如粮草供给保障，排除干扰等要求，崇祯都一口答应，至于具体的守辽东策略，袁崇焕认为可用以下三原则：一，以辽人守辽土，以辽土养辽人；二，守为正着，战为奇着，和为旁着；三，法在渐不在骤，在实不在虚。崇祯的确是有一番事业心，对袁崇焕的这些提法，都表示了赞同和照办的意思。
崇祯赐给了袁崇焕一柄尚方宝剑，以表示他对袁崇焕的信赖和支持，让他去总督宁远防务。
但袁崇焕尚未到宁远，那里就发生了兵变，其原因很简单，军队没有粮饷。当时中央无力，财富均被各级官员和地主刮走，国库空虚，拿不出钱来发军饷。袁崇焕则建议用内帑(即皇宫中的钱)来发饷，崇祯是一个爱财如命的人，听后十分生气，从此对袁崇焕有了看法，不再像以前那样信任他了。
不久以后，袁崇焕诛杀皮岛大将毛文龙又引起了崇祯的疑忌。
皮岛是辽东南部海中的一个岛屿，地势十分重要，北可联清，东可控朝鲜，西南则可卫护胶东半岛的蓬莱、登州。皮岛守将毛文龙曾抗满清有功，但他后来成了魏忠贤的干儿子，还贪污横行不法，并曾写信给皇太极说：“尔取山海关，我取山东。”袁崇焕为了安定形势，消除隐患，便于明思宗崇祯二年（公元1623年)七月伏兵捉住了毛文龙，宣布了他的十二条罪状，请出尚方宝剑，将他诛杀。
袁崇焕向崇祯报告了诛杀毛文龙的原因和经过，崇祯十分惊讶，认为他擅杀大将，别有用心。但因当时正依靠袁崇焕来抗清，就未加责备。
皇太极知道自己的力量敌不过明朝，所以一直想议和，但崇祯极其傲慢，根本不予承认，虽经袁崇焕从中调停，总是不能成功。于是，明思宗崇祯二年（公元1629年)十一月，皇太极率兵十余万，绕开袁崇焕驻防的宁西，从西路直奔北京，经过艰难的行军，攻进了长城，进迫遵化，明军纷纷溃退。清军攻克遵化。巡抚王元雍自杀，山海关总兵赵率教也战死遵化城下。清军攻下遵化后，直扑京师。这时袁崇焕率兵，火速来援，并沿途留下军队以截断清军退路。袁崇焕于十一月十日抵蓟州，但清军绕过蓟州西进，接连攻下三河、香河等城，袁崇焕又急忙带兵去保卫京师，驻兵于北京广渠门外。
清军的猛烈进攻吓得崇祯魂飞魄散，京师一片慌乱。现在袁崇焕来了，崇祯心神略定，对他赞赏备至。袁崇焕认为部队疲劳，要求入城休息，但崇祯心中十分疑忌，借故推托不许其部队入城。袁崇焕又要求屯兵外城，崇祯也不答应。只是催促他快与满清军队接战。
袁崇焕以两昼夜三百余里的速度紧急增援京师，已是人困马乏，但在崇祯的催促之下，不得不与满清军队接战。仗打得非常艰苦，两军相持了很久，袁崇焕身穿铠甲，冲锋陷阵，两胁下受了几处箭伤。后来满清军队终于不支，退到南海子边休整。
崇祯见满清军队没有退远，便急不可耐地催促袁崇焕追击，甚至围歼敌人。这时虽然明军来了几路人马，袁崇焕也统一了指挥权，但决战时机很不成熟。万一出城决战，满清军队以置之死地而后生的态度来与明军拚命，明军很有可能溃退。如果发生了这种情况，那北京城就倾刻而下了。因此，袁崇焕的坚守不战是正确的。
但崇祯却怀疑袁崇焕了，认为他是拥兵自重，要挟制自己，甚至谋权篡位，至少也是要强迫自己采用他一贯与满清议和的主张。这么一想，崇祯那颗刚愎自用而又傲慢的心就受到了很大的挫伤。
此时，满清军队在城外大肆烧杀抢掠，使得京郊的百姓大受其害，且崇祯身边的太监也多在京都置有田产，都深痛自己大破其财。想来想去，这怨愤就泼在了袁崇焕的身上，说清兵是袁崇焕引来的，是想要挟皇上与清人议和的。一时之间，这些舆论不知怎么就漫天而起，甚至大骂袁崇焕是“汉奸”，弄得人心惶惶，真假不分。竟有人站在北京城的城墙上往城下袁崇焕士兵的头上扔石头，一边扔一边骂“汉奸兵”，石头还把士兵砸死砸伤。
崇祯知道了这一消息，疑心更大，恐慌起来。恰在这时，皇太极依照《三国演义》上的“群英会蒋干中计”一节，使起反间计来。就在这以前，清军捉到了两名明宫派在城外负责养马的太监，一个叫杨春，一个叫王成德。在撤回途中，皇太极派副将高鸿中，参将鲍承先、宁完成等人监守。这三人是归降满清的汉人。到了晚上，鲍承先与宁完成二人依照皇太极所授的密计，大声“耳语”道：“这次撤兵，并不是我们打了败仗，那是皇上的妙计，你看到吗?皇上单独骑了马逼近敌人。敌军中有两名军官过来参见皇上，商量了好久，那两个军官就回去了，皇上和袁崇焕已有密约，大事不久就可成功了。”两名太监正躺在旁边，把这些话听得十分清楚。第二天，姓杨的太监见敌人撤退时十分慌乱，便趁敌人的“疏忽”逃奔而归，并马上把这些话报告了崇祯。
崇祯听了这些话，以他多疑而又忮刻的性格，当然是马上相信了。他立刻召袁崇焕进宫，在宫中将其逮捕下狱。袁崇焕的部将祖大寿等人见状，惊慌莫名，只好出城等候。三天之后，圣旨到来，说袁崇焕以通敌谋反罪被捕，只问袁崇焕一人，余者不问。将士闻讯大哭，有的将士还破口大骂，顿足而号。如果此时有人倡议，说不定真会反了。
祖大寿当然极为悲愤，他即刻率军回锦州，途中遇见驰援的袁军主力，了解了北京的情况后，也当即掉头而回。祖大寿掉头而回，崇祯大为恐慌，他深怕清军再来攻城，连忙派人去让袁崇焕写信，召回祖大寿。这实在是一个奇怪的逻辑，既不肯正式下诏让袁崇焕写信，又派各部官吏前往劝说。袁崇焕先是不肯写，认为这种作法于情理不合，既不奉明诏，于狱中发书召兵回京，无异于私人行为，但崇祯无论如何不肯向袁崇焕认错。在群臣的劝说之下，袁崇焕“以国家为重”，写信召回祖大寿。祖大寿本把崇祯派的使者看作敌人，但有袁崇焕的亲笔信，他迟疑不决。这时，祖大寿的母亲说：“如果你不回军，只能加重袁督师的罪名，如果你回去攻下一些地方，打一些胜仗，或许能救袁督师出狱。”祖大寿听了母亲的话，率师返京，沿途攻陷了清军占领了两座城池，也就是断了清军的两条归路。
皇太极听说袁崇焕下狱，大喜过望。他本来已攻克了北京以南二十公里处的良乡，立刻回师卢沟桥，破了所谓的“车军”，又大破明军四万多人，擒获和斩杀了一些明军的高级将领，京师大震。但听说祖大寿率兵返回，惧怕归路被截，便写了几封议和信，领兵从山海关缓缓而退。
清兵一退，崇祯又感心中大定。是时，朝野之上，军队之中替袁崇焕辩冤求情的人极多，纷纷上书，连孙承宗也写诗说：“东江千古英雄梦，泪洒黄龙半不平。”还有许多人情愿以身代之。袁崇焕也在狱中写信，让部下安心抗敌，半年之后，明军把清军赶出了长城。
这半年之中，袁崇焕再有什么样的罪行也该调查清楚了，也该作出决定了。不，早不杀袁崇焕，晚不杀袁崇焕，清兵退出长城以后就杀袁崇焕。
一般认为，袁崇焕之死是礼部尚书兼东阁大学士温体仁收买袁崇焕部将谢尚文伪造通敌证据而致，但细细推测起来，恐怕并非如此简单。崇祯刚愎自用，如无他的授意，一个小小的温体仁纵有天大的胆子也不敢妄杀袁崇焕。恐怕究其根本原因是在于崇祯刚愎，不肯认错，不肯作服输的表示吧!刚愎之君，崇祯至为典型，后来在同李自成的反复较量中，表现得尤为突出。他虽宵衣旰食，面上绝无昏庸淫乐之君的样子，倒是显出一副明君的派头，但细细想来，他所作决断大多出于一己的猜测，且不听人言，心胸极其狭窄。在杀袁崇焕十五年后，崇祯自缢于煤山，其时只有一太监相随而死，真可谓是“孤家寡人”了。
想袁崇焕死日，北京人情汹汹，莫不欲食肉寝皮。群众的眼睛在长远的历史时期中是亮的，但芸芸众生，眼睛时刻都是亮的吗?“今日的一缕英魂，昨日的万里长城”。若袁崇焕英魂不泯，他是怨清军、怨崇祯、怨温体仁还是怨民众?抑或无所不怨而又一无所怨呢?若发一声历史的浩叹呢，那是“是非成败转头空”，若想去解释一下这漫长的古代史，就会发现哪种理论都无法使人满意。也许，它本来就是一茬无头的冤案!