1937年日军侵占北平时，“北京人”化石仍留存北平协和医学校。随着战争的持久，太平洋风云日紧，美日关系恶化，中国方面担心“北京人”化石的安全问题。1940年12月26日，中央地质调查所副所长尹赞勋致函北平的裴文中，“现存协和之猿人标本以及重要石器等，似以运至西南安全地带为妥。若有特别困难不能南运，亦应设法托美国友人运往美国学术机关暂存，一俟和平恢复，再行运回。请兄转为面商关系人员决定方针，俾至必要时间，即可实行”。《尹赞勋致裴文中函》，中国第二历史档案馆档案，全28（16），卷134。1941年1月10日，翁文灏致函北平协和医院院长胡顿（H.E.Houghton）和魏敦瑞，希望将“北京人”化石转运美国。1941年4月17日，胡顿复函翁文灏，认为“企图将这批化石转移出北京是不切实际的想法。理由是，地方当局和海关必定会直接插手检查所有这类物品的进出。这批科学物品是民国政府的财产，将它们运出中国或日本占领区很易遭到被没收的危险”。“由于这批标本的所有权归中华民国政府，想求助美国政府某些部门将它们转移也不可能。即便美国官方同意转移，驻华使馆也不敢承担违反日伪政府及海关法规的责任。”胡顿及一些顾问主张存放原地，“即便将来形势恶化，这批标本也不可能受损，没有任何理由使它受损。它们没有出售价值，最坏的情况莫过于不再在北京（或中国）保存而被分散在世界其他博物馆罢了”。《胡顿致翁文灏函》，中国第二历史档案馆档案，全28（16），卷134。1941年7月15日，已回到美国的魏敦瑞致函翁文灏，陈述没有将化石随身带到美国的理由：在海关发现，肯定被没收；不能让这珍贵的物品在这危险的时刻暴露在一次没有护航的航行中。“让化石原物放在它现在的位置即北京协和医学校解剖系大楼内新生代研究室的保险柜中是明智之举”，“在可能危及化石标本的情况下，最好什么也不做”。《魏敦瑞致翁文灏函》，中国第二历史档案馆档案，全28（16），卷134。

    但据裴文中战后回忆，1941年初，日美关系紧张，美国大使馆劝告美国侨民离华。魏敦瑞决定于4月份回美国，在纽约天然博物院继续研究，希望将中国猿人标本带到美国去。离开中国前，魏和裴文中曾两次到美国大使馆交涉，但因合同的限制，在得到中国政府允许之前，美方不便单独行动。

    1941年8月间，翁文灏代表中国，与美国驻华大使詹森交涉，请他设法将中国猿人标本由北平协和医学校取出，运存美国，战后再运回本国。11月中旬，詹森大使致电北平，令他们照办。

    据当时最后接触化石的中方人员胡承志战后报告，在珍珠港事变前，大约在十八至二十一日间，北平协和医学校总务长博文（Bowen）匆匆来到实验室，要求胡承志速将“北京人”等装好，要在极秘密之下送到他办公室。“余当时将早经备妥之木箱拿出应用，并将房门锁住后装箱。该二箱均为白木箱。”“至装箱之情形，颇为华贵。先将骨骼用擦显微镜头用之细绵纸包好，再用软纸包着，然后再裹以洁白医用吸水棉花后，用粉莲纸包上，再用医用细纱布多层包在外面，装入小箱，再用吸水棉花填满，小木箱内周围六面由具有弹性之黄色瓦垅纸数层包好，一一装入大箱内，用木丝填装。”两木箱书以CadⅠ和CadⅡ。两箱内骨骼化石数为：“北京人”头骨5个，头骨片5片，牙齿约130枚，下颚骨约10个，上颚骨1个，及其余零星碎块之肢体骨等，约数十块；上洞史前人头骨3个，未成年头骨1个，肢体骨十余个，牙齿数十枚及零星小骨多件。

    装箱完毕，胡承志“旋即派工友用车亲自押送至博文先生办公室，当面交彼。彼即立刻将两箱送到‘F’楼下四号之保险室，过夜后即送至美大使馆。珍珠港事变前，知道北京人装出的有胡顿校长、博文先生及息式白小姐（Miss Clair Heirschberg，彼为新生代研究室工作不久之秘书）”。《胡承志报告“北京人”失踪经过》，中国第二历史档案馆档案，全5（2），卷914。自此，“北京人”化石便下落不明。

    关于“北京人”化石失踪之谜，有多种解答：“北京人”化石送交美国海军代运出，传说该文物在秦皇岛附近遭日军截夺；在天津调包，流落美国；埋藏在北京；沉没在海中；在中国民间。现将中国第二历史档案馆的有关档案，裴文中先生与遗失事件相关人员的中英文通信，包括11封信件和7份剪报附件，当事人的回忆，以及学者的研究作简要的介绍，以期进一步探究真相。

    关