在太宗朝的前半期，太宗的家庭生活相对平静，只是由于636年他的妻子兼密友文德皇后长孙氏去世才有了波折。在7世纪40年代初期，随着他儿子们都已成年，两个皇子之间展开了一场激烈的继位斗争；这场冲突是太宗自己无意中促成的。两个对手一个是文德皇后所生的长子太子承乾，一个是魏王泰。有关这一时期的正史说李泰是文德皇后的第四子，但其他史料说他可能比他“大哥”承乾还年长，而且可能是太宗的另一个妃子所生。①
虽然承乾因患严重腿病而跛足（可能是痛风或畸形足），可是在太宗刚即位后不久的626年阴历十月就立他为太子了。②太子显然聪明而能干，并且一到成年太宗便开始让他处理日常事务，当太宗离京时命他留守京师。但随着年龄的增长，对中国的朝廷官员来说，承乾的行为显得在某些方面不正常和有失体统；他很可能是精神失常。承乾不遵守中国的习惯和传统；他口说突厥话，他和他的仆从都穿突厥服装。当朝廷官员们批评他这种粗野和不体面的行为时，他公然蔑弃中国礼法，竟打算杀害他们，由于没有成功，他的这些活动当时没有泄露。①
甚至在639年以前，当承乾的越礼行为尚未最后成为公开丑闻时，太宗已明显地在所有皇子中表现了对魏王泰的偏爱。②李泰聪明而有魅力，并且秉承了太宗的许多优秀品质。太宗在很多方面都表示喜爱李泰。936年，当其他皇子被封为世袭都督赴任时，太宗破格地允许李泰不外出任职，而为他建立了一个类似太宗自己早年在洛阳建立的机构——文学馆。642年，李泰在新建的王府广招文学之士，每月的花费甚至超过了太子。③
李泰当然会把太宗有增无已的恩宠当作有希望继位的征兆，他左右的一帮年轻而有非分之想的官员也希望他代承乾为太子，以便附骥沾光。承乾的日益反常的行为看起来是有可能导致他被废弃。李泰左右的这一伙人中有房玄龄的儿子房遗爱和杜如晦的弟弟杜楚客。
因此在继承问题上，在太宗朝廷中第一次出现了两大势力集团，一个支持承乾，一个支持李泰。为了防止官员分化成两个各怀拥立目标的对立集团，太宗宣称，如果因故废了承乾，承乾的尚在襁褓中的幼子将继承乾之位。
在这期间，太宗用各种方法改进太子的行为，方法之一是在643年初期指定刚直而重道德伦理的魏徵为太子的老师。但改造承乾的希望微乎其微，于是太宗决心不使太子受其左右亲信的坏影响。643年初期，他杀了太子的三个亲信，一个是太子的宠侍歌童，另两个是以异端诱惑太子的道士。
太子怀疑自己和娈童的关系是李泰告诉太宗的，并对太宗的日益严厉的态度越发警觉起来。于是他计划杀害李泰和除掉他父亲。参加太子这个计划的有杜如晦的次子他的长期亲信杜荷、在征讨高昌之役中因行为不端受处分而心怀不满的将军候君集、太宗的异母幼弟并对太宗的屡次训斥日益厌烦的性格粗野的汉王李元昌。
幸亏另一个皇子齐王李祐谋反失败，使李承乾的阴谋还未实行就暴露了。李祐叛乱计划的参与者之一纥干承基就是承乾指使谋杀太宗的人。纥干承基揭发了太子的阴谋，使朝廷更加吃惊。643年阴历四月，承乾被废为庶人，囚禁在现在的贵州边境，死于644年末。①承乾的支持者的下场更坏。汉王元昌奉命自杀，杜荷和侯君集被斩首。②
虽然太宗以前曾宣布不废除承乾子嗣的继承权，可是他特别宠爱李泰；随着承乾的被废，他现在宣布有立李泰为太子的打算。李泰的追随者当然热烈支持；但太宗的有权势的老臣长孙无忌却极力反对这个计划，主张立当时快满15岁的李治为太子。于是朝中分为对立的三派：即原来支持承乾而现已瓦解的一派；支持李泰的一派；以长孙无忌及其他大臣为首的支持李治的一派。③
但是，因皇帝的意见受到最有势力的顾问们的反对和由此产生的对政治安定的威胁所造成的艰难局势，很快得到了解决。李泰本人开始暗地里威吓李治，因李治过去和新近被处死的汉王关系很好。随着新阴谋的暴露，太宗没有其他选择，只有褫夺李泰的爵位并把他驱逐出京。这种家事的烦恼使得太宗濒于精神崩溃。他抱怨三个儿子和一个兄弟都背叛了他，只是由于褚遂良的阻拦他才没有饮恨自尽。
对于继承问题，太宗没有什么选择余地了。由于李治受到有影响的大臣们长孙无忌、褚遂良和房玄龄的有力支持，太宗于是在643年阴历四月正式立李治为太子。同时，为了使李治受到严格的教导，一批有很大权限的官员被任命为他的老师，其中包括长孙无忌、房玄龄、年老而固执的萧瑀和李世；同时另有一批地位较低但有才能的官员被派在太子府中任职，以使满朝文武都能团结一致地拥戴他。
可是太宗仍然认为，他是被迫作了错误的选择，而且怀疑意志软弱的李