当明-汉之战的决定性阶段正要见分晓的时候，张士诚仍然是明军的死敌，但是在明军主力部队在别处作战之际，他却没有充分利用一再出现的天赐良机。1362年和1363年吴的半心半意的攻势没有给对方造成重大的伤害。不清楚张士诚在什么时候才认识到明军在鄱阳湖的胜利的规模，但从他后来的行动中显然可知，他认为陈友谅的垮台是他和朱元璋摊牌的序幕。现在，和1356年大不相同，张士诚无意要和朱元璋搞好关系。张士诚终止了向元大都输送粮食的漕运，声言他自己需要这些粮食，同时在11月5日他自称吴王，这是直接向朱元璋挑战，所以朱元璋的回答是在新年（1364年2月4日）也自称吴王。

    其他二等地方割据者对明军胜利的反应则各不相同。陈友定很积极地与朱元璋作对，并且从福建入侵浙江；明玉珍则从四川来信，建议与朱元璋缔盟。方国珍对于胜利者是礼让三分，给他进贡，但朱元璋接受贡品时却有条件：在明军夺取杭州以后，他应在规定的日子内俯首称臣。

    明之并灭汉，1364—1365年

    1364到1365年之间，朱元璋主要致力于逐一并灭陈友谅以前在江西和湖广的土地。他之能达到这个目的主要是因为扩廓帖木儿和张士诚这两个最强大的地方割据人物不能有效地联合起来反对他。新土地被并入他的权力基地，使得朱元璋控制的人口约两倍于任何其他对手所控制的人口。仅仅是这种数量上的优势而不是质量上的优势，就是明军以后赢得一系列胜利的主要因素，它终于像滚雪球那样使它最后征服了全中国。

    1363年10月23日，在鄱阳湖之战胜利结束的两个星期之后，朱元璋又把他的水军开向上游，这一次是开向武昌。他围困武昌两个月而迄无成效，于是返回南京，把兵权交给常遇春。这是系统地征服汉军从前领土的开端。1364年3月22日张定边投降的前两天他回到了武昌。此后，湖南、湖北余下的州府望风归降。朱元璋这时并未占领它们，他留下杨靖守武昌，自己率余军驶向下游。5月15日，徐达和常遇春重新围攻庐州；左君弼逃往安丰，和扩廓帖木儿合兵一处，但是庐州在左君弼部下的防守下顶到8月15日。庐州和武昌曾经是态度鲜明地抗拒明军的两个中心，拿下了它们就是进行下一阶段用军事实际上占领江西和湖广已经投降或正在动摇的重要城市的开端。

    徐达进军湖广。徐达严于治军，他的名声可以说服汉军从前城市的守将们和平地大开城门归顺明军。很显然，只要此时据报明军有一个地方失控，其余城市便会相率反抗。1364年10月末，徐达的军队未遇上事故就进入了江陵、夷陵和长沙。自此以后，汉军的多数将领和土著酋长都开门迎降，毫无抵抗，因此他在1365年4月回到南京的时候能够报告说，湖广已经平定。

    常遇春的军队首先开进南昌，他在这里与邓俞的部队和一部分守军会合。常遇春的任务是征服江西的中部和南部。最南端的那些城防守备无一人投降；其他地方的守备已在1361年屈服，但他们在1363年对明军并没有什么帮助。常遇春和邓俞在1364年9月3日攻破了吉安，然后循赣江而上，包围了熊天瑞控制下的赣州。熊天瑞从来没有真正受制于汉军，但他一直在利用他的继续附汉作为他进攻那些在1361年投降明军的城防守将的借口。当明-汉打完主力战的时候，他把他的控制从江西南部扩大到了广东北部。他现在顽强地抗拒明军，赣州直到1365年2月才落入明军之手。使朱元璋大感吃惊的是，常遇春占领赣州时是兵不血刃，秩序良好。

    与此同时，江西中部爆发了一次亲汉军的叛乱，朱文正已从南昌派兵去实行镇压。这一事件为明军进行大改组提供了机会。朱元璋命令自1357年就守备常州的、他所信任的汤和带领他自己的某些军队开往江西，帮助镇压叛乱。1365年2月16日当汤和的军队抵达南昌时，朱元璋也突然出现在南昌，马上罢免了他的侄子朱文正的一切军事职务。朱文正被指控强抢和奸污妇女，用龙凤装饰他的内室，并且企图投降张士诚。这些指责有些是生活细故，有些是莫须有的罪名。朱文正很得军心；其他将领代为求情，最后被处以监管流放。朱元璋显然对他的侄儿有所畏忌，这从他精心准备的这次突发行动可以看出，但他真正关心的是什么，却不见于现存的史料。邓俞接手担任南昌守将（江西行省参政）。

    朱元璋携徐达和常遇春于4月23日返抵南京，他们计划下一阶段的战役。常遇春在6月中旬攻克了汉水上的安陆和襄阳。由于汉水源出陕西南部，明军现在能够与陕西省内扩廓帖木儿的敌人合作了。扩廓由于企图重新组合察罕帖木儿的一切权力结构而未果，所以他没有能力阻止明军的进一步扩张；这一次明军的扩张就要以张士诚为目标了。

    到了1365年夏末，所有从前汉军的土地都已被明军所控制，余下的汉军士兵也已被明军收编。各地城防部队都被忠实可靠的明军所取代，同时也把汉军中投降的士兵作为预备队，以便将来组成远征军。军队做出这样的调整需要改组明的军事制度，每个部队还必须查点士兵名额，这个过程便进一步加强了明军的集权化管理，同时也增加了朱元璋在军队中的权力。1363年末，朱元璋在阅兵中发现有一位不知道他究竟统辖了多少人马，所以他发了脾气。其实，这位将领不知其情的这种情况在当时是很自然的：每个部队由若干忠于其直接上司的小部队组成，每个部队的大小和命名法又不规范化；上面的指挥官不易干预下属部队的行政事项。

    1364年，朱元璋在自称吴王之后不久便推行一种标准的军队编制表。以前主要野战军部队的各翼元帅府被改名为“卫”，定额兵力（最初）为5000人。每个卫分为5个1000人的千户所，其下又分为10个100人的百户所。更小一些的野战军总部——总管府——改称为“守御”，也是1000人，分10个百户所。给武官制定了新的军阶以确定新的兵制；部队指挥官此后便必须计算他的士兵的人数，放弃他们原先的军阶和爵位，而按照他们现在所指挥的人马接受新的军阶。朱元璋通过这种措施对各部队取得了内部行政的控制以后，他又准许军官们的职位可以世袭。卫以下的职位明确规定可以世袭，其传承办法须经王的批准，这就使这一由来已久的做法正规化了；它像卫的10个下属部队那样，是元代兵制中的常规。

    这次改编是借机重新划分军队，它一方面意在特别奖赏明军的将领使之能拥有更大的兵力，一方面又让新降附的士兵调离本乡本土和原来的部队。在明军中服役最久的士兵——即朱元璋在1360年到1363年间亲自带领的主力——被分为17个卫。这个集团的老兵准许完全退休，其余人则转到卫里去，在南京地区搞军屯。

    朱元璋本人不再负责实际的军事指挥工作，留在南京树立传统的圣君形象。京卫的一个不公开但却是主要的任务是，如果在朱元璋最后称帝而野战军内部有人反对的时候，它充当对付这种反对者的最后手段。其他虽然可靠但在明军中服役时间较短的士兵（例如那些在明军征服安徽南部和浙江中部时加入明军的士兵）则被派往守卫湖南、湖北和江西的城市，或者被派在以南昌和武昌为基地的地区野战军内服役。从前的汉军士兵和新从原来汉属土地召募来的军队则被调到南京来，把他们和明军老兵混合编队，形成后来由徐达和常遇春率领伐吴的军队。在1363年以前，向明军投降的将领们能够坚持自己统带这些原来的部队；但自此以后，投降的军队能保住性命或受到不论什么样的优遇就会感恩戴德不尽了。①

    明军战胜吴军，1365—1367年

    朱元璋的军队在1365年到1367年之间以破竹之势征服了张士诚的领土；这些战役从吴的外围地区打起，其**是胜利地包围了苏州。1367年苏州的陷落并未中断明军扩张的势头；朱元璋在这一年的年终以前还派了远征军连续南征北战。

    1367年以后张士诚的唯一希望是要赶在明政权充分利用新征服给予它的军事潜力之前发动一次拼死拼活的攻势。张士诚有此心愿，但是吴军力不从心。1364年11月张士信想夺取长兴，但在下个月他被汤和从常州发来的兵赶走，损失惨重。1365年3月，原先未能夺取长兴的吴将李伯升率军20万径趋浙江的诸全，并从这里出发去围攻新城：这是谢再兴1363年投吴后明军为屏障诸全所筑的堡垒。李文忠带着明政权的浙江军去解了围。1365年3月12日晨他亲率骑兵冲锋，打败了吴军。当吴军撤退经过新城门时，戍兵的一次突击打垮了他们。这次惨败标志着吴军的攻势企图已经终结。除了打败张士诚的一个尚存的兄弟张士信之外，明军还打败了李伯升和吕珍；后来，吴军的第三个“爪牙”徐义干脆拒不打仗了。

    明军领导层采取了对吴“剪除两翼”的战略方针，这就是说，先攻取长江以北的吴军领土，再夺取浙江的吴军控制部分，然后再攻击吴的心脏地带苏州地区。1365年12月，徐达的军队攻下了泰州（属江苏扬州府），然后奔大运河，于1366年4月24日克高邮。徐达再迅速移师沿运河北上，突袭并摧毁了徐义的舰队。这使得淮安的吴军守将梅思祖投降，紧接着是濠州、宿州和徐州的诸守将纷纷起而效尤。徐达本人西行，于5月29日夺取了安丰。扩廓帖木儿奉命加以干预，但他又一次受到察罕帖木儿从前部下的掣肘。经历叛乱后的元王朝“勤王军”仍然不懂得明军势力的增长会马上消灭他们，因而不能协力自卫。像通常那样，投降的吴军也归并入在夏天的耕种季节不参加战斗活动的明军。

    当战事重新开始的时候，朱元璋坚持继续“剪除两翼”的战略方针，那意味着下一步要打击浙江北部的湖州和杭州。徐达和常遇春的20万主力军包围了湖州，李文忠的浙江军队封锁了杭州。当湖州在1366年12月8日投降的时候，杭州的吴军平章潘元明看清了形势，在一个星期后投降。明军然后直趋苏州，在12月27日完成了包围态势。

    苏州之围延续了10个月。苏州作为大要塞并不出名，但它的城墙已被重建得很坚厚。另外，张士诚经过十年蛰伏之后正在为自己的生存而斗争，同时给他以支持的绅士阶层又认为这是一场捍卫社会正统和文化正统的战斗。张士诚拒绝所有要他投降的劝告，虽然这时明军领袖们已给了他足够的保证，指天誓日，决不背约。张士诚亲自带领军队，企图从城内杀出一条血路突围。明军方面由徐达统筹全局，常遇春和后来封为公爵和侯爵的其他八名将军分别封锁一段城墙。在围城期间明军筑起了连绵不断的土工事把苏州团团困住。他们从特别建造的土台上把割下的人