随着时光的流逝，牧斋晚年对屈辱失节有所反悔，恐怕和柳如是这位贤内助不无关系。清朝统一中国之后，民族矛盾十分尖锐，在一个相当长的时间里，福建隆武政权、西南永历政权，特别是雄踞沿海一带以郑成功为代表的抗清部队，和清政府展开积极的对抗。柳如是一直注视着反清复明事业的发展，并以实际行动予以支持。
顺治十六年五月，郑成功为牵制清兵对永历政权的围攻，约张煌言会师北上，接连攻克瓜州、镇江，直迫南京。水师的节节胜利，使郑成功滋长了骄傲轻敌的情绪，不幸中了清总督郎廷佐假投降之计，结果遭伏兵袭击，损兵折将，不得已于八月弃瓜、镇，退出长江，一次很有希望的北伐以失败告终。自从郑成功率水师浩浩荡荡进入长江之后，牧斋夫妇曾把复明的期望寄托在他们的身上。“十年老眼重磨洗，坐看江豚蹴浪花”。江豚显然暗喻郑成功水师。“为报新亭垂泪客，好收残泪览神州”。水师的胜利，使牧斋夫妇感到欢欣鼓舞。郑成功在南京受到挫折，他们认为局部的失败不必过分计较，而应该总结经验教训。“由来国手算全棋，数子抛残未足悲。小挫我当严儆候，骤骄彼是灭亡时”。而水师最后失败退出长江，使他们的希望破灭，又陷入无限的悲愁之中。
郑成功这次北伐的成功与否，直接关系到反清复明事业的成功。果然，北伐失利之后不久，永历政权在内外夹迫下无法支撑，很快就瓦解了。反清复明的斗争因无强大的武装力量作为后盾，也就难以为继，遂转入低潮。因此，柳如是对郑氏的北伐尤为关注，这是可以理解的。有《后秋兴之三》诗为证：
闺阁心悬海宇棋，每于方罫系欢悲。乍传南国长驰日，正是西窗对局时。漏点稀忧兵势老，灯花落笑子声迟。还期共覆金山谱，桴鼓亲提慰我思。
牧斋在诗题下自注云：“八月初十日，小舟夜渡，惜别而作。”很显然，这组诗是为柳如是而写的，而且写于郑成功水师失败之后。诗人对爱妻此时此地的心境十分了解，诗中以棋作喻，抒写情怀，把一位深居闺阁、情系海宇、悲欢与共的妇女形象维妙维肖地刻画了出来。在现实生活中，人们多半有这样的经验，对某件事的期望值越高，一旦达不到目的，接踵而来的失望也就越厉害。郑成功失败的阴云笼罩在他们的心上，诗中飘荡着一股难以明言的哀愁。但他们没有被失望的狂涛所淹没，“还期共覆金山谱，桴鼓亲提慰我思”。诗的结尾表示有朝一日能像韩世忠、梁红玉那样共同抗击敌人，这无疑传达出柳如是的心声。
柳如是从劝牧斋杀身以全节，到不愿和新朝合作，到支持反清复明活动，体现了中国妇女的伟大气魄。所以有人称赞她为“女中之丈夫”，应该说是当之无愧的。